本文深入探討任天堂於 Game Boy 時代後的關鍵轉折與挑戰。 從橫井軍平在掌機市場的輝煌成就，到其主導的 Virtual Boy 慘敗；再至 N64 時代面對 Sony PlayStation 與 Sega 的激烈競爭，以及第三方大廠 SQUARE 的離反，任天堂的內部權力結構與經營策略面臨前所未有的考驗。 文章將細膩梳理這些歷史事件，揭示一個時代的謝幕，與岩田聰接手後如何帶領任天堂走向新的次世代主機戰場。
《業界的裏側 VOL. 2 —失落的泰坦王朝》又名《任天堂演義》或《橫井軍平演義》（下） – 橫井軍平時代謝幕，岩田聰的任天堂與次世代主機大戰
作者：Darkbaby（徐繼剛, 常遇春）
（註：下篇後段的行文風格與上、中兩篇有明顯差異，排版、分段方式都不相同，不確定是不是因為 Darkbaby 後期文風轉變的關係。）
GAME BOY 發表以後，當時任天堂的主要競爭對手 NEC、ATARI 和世嘉等三社也接踵發表了採用最新彩色液晶技術的便攜遊戲主機，任天堂社內很多人都擔心一目了然的性能差距將使得 GAME BOY 徹底失敗，橫井軍平在反覆研究後斷言尚未完全技術成熟的彩色液晶必然導致電池工作時間非常短，而且昂貴的價格也難以被普通消費者接受。
山內溥非常贊同橫井的看法，他指出：「攜帶主機的優勢就是『便攜』，無論在汽車裡還是飛機上，甚至登山和海水浴的時候都能夠無所不在的娛樂。」宮本茂顯然對參入 GAME BOY 並不熱心，最初時期完全依靠第一開發部孤軍奮戰，為了確保成功，橫井軍平向山內溥提出使用瑪利歐製作首發遊戲。
《超級瑪利歐大陸》（《SUPER MARIO LAND》）是開發一部專門為 GB 度身訂造的全新系列，在操作上根據軟體的性能和按鍵配置進行了合理簡化，使得玩家能夠在行進中實現快適的娛樂。本作同時也繼承了過去瑪利歐系列許多膾炙人口的經典構想，鉛管秘道和能量蘑菇等依舊大放光彩。該遊戲共分為表裡兩層世界。完成表世界後可以進入版面基本相同的裡世界，但遊戲的難度卻成倍提升。《超級瑪利歐大陸》的世界觀營造刻意追求與以往系列作品的差別化，名為撒拉撒的美麗大陸上共有四個和平相處的王國，宇宙怪人的出現使得大陸被籠罩上了恐怖的黑雲，為了拯救被劫走的黛西公主並解除宇宙催眠的魔咒，瑪利歐兄弟開始了新的冒險旅程。
在本作中瑪利歐上天入海不再借助變身葉子和青蛙服等舊技能，而是駕駛著現代化的潛艇和飛機與敵人周旋。雖然轉換了軟體平台，瑪利歐的號召力依然遍及四方，《超級瑪利歐大陸》在日本本土取得了 415 萬份的驚人銷量，在海外更是達到了 1400 萬份以上的天文數字，為 GAME BOY 以後牢固的江山打下了相當紮實的基礎。
荒川實對 GB 的成功同樣也做出了巨大貢獻，當 GB 在北美正式上市銷售不久，一款由蘇聯莫斯科國家科研所的技術員阿歷克西斯.帕契諾夫所開發的自娛小遊戲《俄羅斯方塊》（《TETRIS》）流傳到西方後立即席捲起流行風潮，商業嗅覺敏銳的荒川實認為這款遊戲簡直是為 GB 所度身定造的至寶，經過他和霍華德.林肯周密調查後獲悉原先世嘉和 TENGEN（TENGEN 為 NAMCO 在北美的子會社，後併入 TECMO）等與代理商簽定的合同存在極大破綻，兩人便星夜趕往蘇聯莫斯科，最終以上千萬美元的天文數字從國家科研所手中取得了家用和攜帶平台的獨佔發行權，最終 GB 平台的《俄羅斯方塊》取得了 3024 萬份的累計銷量，確保了主機的順利普及，世嘉則不得不已經生產完畢的 MD 版《俄羅斯方塊》全數銷毀。山內溥曾經對荒川實的大膽冒險舉動非常震怒，但最終在現實面前也無話可說。
日本國內最積極支持橫井軍平推廣 GAME BOY 的第三方軟體商是 SQUARE，SQUARE 因經營不善一度瀕臨破產危機，正是由於橫井的眷顧才有機會為任天堂代開發《中山美穗的心跳高校》而得到了喘息機會，以後憑藉著《FFI》逐漸走出了困境。GAME BOY 發表後，出於投桃報李的考慮，SQUARE 立即宣佈將原定 FC-DISK SYSTE 的《SAGA-魔界塔士》和《FF外傳-聖劍傳說》轉移平台發售，由河津秋敏領銜的《SAGA-魔界塔士》是攜帶遊戲平台首款 RPG 遊戲，取得了百萬以上的驚人銷量，該社自此逐漸在日本業界嶄露頭角。
SQUARE 在以後相當長時間得到任天堂的破格優遇，除了自身的出色成績以外，與橫井軍平的大力提攜也密不可分。
1986 年 4 月 15 日，一位不速之客來到了京都高松町任天堂本社，TV 遊戲產業的歷史由此翻過了新的一頁。索尼情報處理研究所的幹部久多良木健是當時索尼集團內部極少數對數碼技術的未來發展趨勢具有準確洞察力的優秀人物，他一直夢想把索尼的 3DCG 技術研究成果投入實際應用，然而並沒有人讚同他的看法，久多良木健決定向 TV 遊戲產業霸主任天堂大力推銷其理念。
經過一段時間的接觸以後，久多良木健忽然發現任天堂的技術人員似乎比自己的大多數同僚們更瞭解數碼技術的重要價值。
NEC 和世嘉全面參入 TV 遊戲產業後確實給任天堂帶來了激烈競爭，尤其世嘉的 16 位主機 MD 在歐美地區發售後取得了極大成功，一時間幾乎有將任天堂完全逐出市場的趨勢，加緊開發後續主機已經成為了任天堂當務之急的課題，上村雅之的第二開發部在經歷了 FC-DISK SYSTEM 的慘痛失敗後，再度受命開發 FC 的後續主機 SUPER FAMICOM (SFC)。
在久多良木健的極力推薦下，任天堂最終決定採用索尼最新研發成功的 PCM 音源 IC 作為 SFC 的內藏聲音處理芯片，首批定單的數量就高達 400 萬枚，兩社由此建立了歷史上關係最融洽的蜜月期。進入 1988 年以後，NEC 和世嘉先後推出採用大容量 CD-ROM 媒體的遊戲主機，出於戰略牽制的考慮，任天堂也於該年 9 月舉行記者招待會，宣佈與索尼公司共同開發 SFC 用 CD 主機。
索尼也於次月成立了 VIDEO DISK 事業本部，久多良木健擔任 PS 事業室室長。CD 主機的開發代號為「PLAYSTATION-X」(簡稱 PS-X)，PLAYSTATION 預示著該主機擁有等同於工作站的高性能，X 則代表著無限的未來。久多良木健幾乎每週都造訪任天堂本社探討合作事宜，與上村雅之等人也建立良好的私交，SFC 用 CD 機和 SFC 本體幾乎同時進行中，情報開發部甚至已經試作了 3 款 CD-ROM 遊戲，所有的一切似乎正都朝著久多良木健的目標順調進展。
兩社在 1990 年 1 月 1 日正式締結了合作契約，索尼社長大賀典雄和任天堂社長山內溥兩方最高企業代表均出席了握手儀式,在發表會中索尼特意演示了一段侏儸紀時代恐龍生態的 DEMO 影像，高素質的 CG 表現效果令到場記者和業內人士讚歎不已。
久多良木健在 1989 年 11 月提交的業務報告書中自信地表示：
「PLAYSTATION 的市場定位—將來的家庭用數碼娛樂終端，通過與任天堂的共同提攜，以實現完全統一家用電腦規格的目的。最終的戰略構想是有效結合索尼的 AV 技術進行全方位的展開……」
任天堂與索尼最終破局。任天堂事後的官方說辭是因為 CD-ROM 的數據讀取速度過於緩慢，情報開發部試作的遊戲軟體顯示扼長的讀盤時間將極大損害遊戲性，這對於以 ACT 遊戲為看板的任天堂簡直是噩夢，橫井軍平和宮本茂等保持了完全一致的觀點，然而這個問題絕非合作失敗的癥結所在。
1991 年初，任天堂和索尼的相關合同送達美國。大律師出身的美國任天堂總裁霍華德.林肯在仔細研究條文後對荒川實指出這是索尼一個深謀遠慮的商業陰謀，這份契約保持了日本商業合同一慣的模棱兩可，索尼未來很有可能借此成功進軍 TV 遊戲產業。荒川實立即飛回京都向山內溥闡述了反對意見，這個建議與山內溥一直以來隱藏在心中的憂慮不謀而合，新春聯合發表會上索尼展示的技術力令他非常震驚，非常擔心未來的合作完全失去主動權。
正當任天堂舉棋不定之時，菲利浦的適時出場讓事件發生了戲劇性變化，菲利浦和索尼是 CD-ROM 規格的共同制訂者，菲利浦深知索尼借力任天堂以後勢必完全主導局面，便有意從中破壞這場「美滿姻緣」，菲利浦和任天堂出於共同利害關係的考慮，很快就走到了同一條戰壕內。
6 月 1 日，索尼在美國芝加哥市舉辦 CES 消費電子展中正式發表了對應發表了 SFC 擴充 CD-ROM 主機 PLAY STATION。
但是翌日，任天堂又與菲利浦舉行了記者招待會宣佈共同開發 SFC 搭載用 CD-I 規格主機，此舉頓時在業界引起軒然大波。索尼被突如其來的變故搞得陣腳大亂，廣報宣傳本部長福永憲一立即前往任天堂進行質詢，任天堂方對此的回答是：「與菲利浦合作開發的 CD-主機與 PLAY STATION 是同一延長線的商品，並沒有與索尼的原合同產生任何牴觸。」
此後索尼與任天堂之間的協商斷斷續續進行了將近一年，後來的商業間諜獲悉任天堂和菲利浦實際並沒有展開任何共同研發行動，才醒悟到這不過是任天堂的拖延之計，合作遂於 1992 年 5 月正式宣告破裂，在久多良木健的再三苦諫下，索尼集團決定自行研發家用主機。
索尼集團曾經打算單方面撕毀向任天堂提供 SFC 音源 IC 作為報復，該社負責法律事務的德中暉久認為此舉引發的法律訴訟並無必勝把握，而由此造成的巨大經濟損失也並非元氣未復的索尼可以承受的。在任天堂社內，上村雅之的第二開發部成了整個事件的犧牲品，上村等因為支持採用 CD-ROM 規格而遭到嚴厲申斥，從此第二開發部的地位迅速開始滑落，軟體三傑之一的上村幾乎從公眾場合完全消失。
1990 年 11 月 21 日，全世界各大媒體競相報導了任天堂全新的 16 位元主機 SFC 日本本土首發的盛況，由於任天堂刻意控制了產品的出貨數量，因此絕大多數遲到的顧客當天只能失望的空手而歸，當週的主機實際銷量約 36 萬台，而首發的主打遊戲《超級瑪利歐世界》（《SUPER MARIO WORLD》）也賣出了同樣的數字，次年 3 月末任天堂公式發表了《超級瑪利歐世界》實際銷售突破百萬大關的消息，所有的一切只能用氣勢如虹來形容。
為了推廣《超級瑪利歐世界》這款遊戲，任天堂聘請了系井重裡事務所擔任廣告設計，並重金約請了著名影星田中律子出演廣告 CM，田中瑪利歐的形象通過 24 小時不間斷地滾動播放深入人心。
《超級瑪利歐世界》的日本本土最終出貨量突破了 355 萬份，成功的完成了新主機起爆劑的艱巨使命，使得任天堂的王權得以順利過渡到 16 位元時代。在海外市場《超級瑪利歐世界》同樣起到了力挽狂瀾的巨大作用，1991 年一年間世嘉 MD 由青年製作人中裕司企畫開發的橫版 ACT 遊戲《音速小子》（《SONIC THE HEDGEHOG》）在北美取得了 300 萬份以上的空前銷量，藍色的刺蝟鼠形象在美國青少年玩家的心目中一度完全壓倒了大鬍子工裝褲的義大利佬，任天堂也在同年推出了全新的主機和全新的瑪利歐。
被同僚視為「從不退縮的商業天才」的 NOA 社長荒川實大手筆地投入了數千萬美圓的廣告預算，任天堂的廣告合作夥伴西門子公司也針對新一代玩家的消費口味對產品進行非常成功的重新包裝，以「歸來的瑪利歐」為宣傳口號的醒目廣告多方位轟炸著北美消費者的感官神經，數百輛設置著 SFC 主機和遊戲的大卡車在各大都市巡迴展出供玩家親身體驗。
神話終於再度重演，《超級瑪利歐世界》使得 SFC 主機在北美地區迅速追越了先行發售兩年多時間的 MD 而一路高歌猛進，這部作品的海外累計銷量突破了 1500 萬份。任天堂曾經計畫讓 SFC 完全向下兼容 FC，由於當時世嘉在海外市場採取不計血本的方式爭奪市場份額，NOA 社長荒川實認為向下兼容造成的額外成本會導致軟體價格定位不利，在降價傾銷時迴旋餘地不足，最終階段才重新修改軟體規格。
1991 年 4 月，任天堂在千葉幕張舉辦了大規模新作展示的初心會，會場上首次公佈了 SFC 平台的《塞爾達傳說-眾神之遺產》和《FFIV》的高完成度開發畫面，突如其來的震撼報導使得會場頓時沸騰。
《塞爾達傳說-眾神之遺產》於 SFC 誕生一週年紀念日發售，令得任天堂陣營在該年的聖誕商戰再次佔盡風光，日本權威遊戲雜誌《FAMICOM通信》給這部遊戲打出了 39 分的驚人高分，這是該媒體對當時日本遊戲最高的評價，記錄直到七年後才被同系列的正統續篇所打破，《塞爾達傳說-眾神之遺產》同時也成為了 SFC 主機上歷代綜合評價最高的一款遊戲。宮本茂和情報開發部通過努力順利完成為 SFC 開山辟路的艱巨重任，進一步確立社內最強軟體開發團隊的地位。
相比起前輩橫井軍平，宮本茂於 SFC 前中期在任天堂社內地位的重要性顯然還要略遜一籌，GAME BOY 事業的利潤在 90 年代初期已經佔據整體的 40%，山內溥對橫井已經完全到了言必聽計必從的信賴程度，橫井軍平當時全權總攬任天堂軟軟體開發事宜，對第三方廠商也遍施恩惠，因此達到其事業生涯的頂峰時期。雖然橫井軍平在第一開發部素有仁厚長者之讚譽，但對其深受寵遇妒恨者卻也不乏其人，然斯時此公正當炙手可熱，其對立者也莫可奈何。由於橫井軍平執掌大局的緣故，第一開發部和 INTELLIGENT SYSTEMS 在 SFC 時代也大放異彩，達到了事業的黃金期。
1992 年 8 月 27 日發售《超級瑪利歐賽車》（《SUPER MARIO CART》）絕對堪稱一部里程碑式的不朽傑作，由 INTELLIGENT SYSTEMS 創意開發的該作為瑪利歐系列開拓了一片新的廣闊天地，時至今日該系列的市場號召力甚至已經大大凌駕於瑪利歐正統系列。進入 16 位主機時代後，IS 社作為任天堂的第二方軟體商之一率先獲得了 SFC 主機的開發工具包，開發者計畫製作一款畫面上下兩分割的對戰型賽車遊戲，偶然機會有人提案如果將瑪利歐系列的角色融入其中必定能大大提升市場價值和遊戲樂趣，負責審核的宮本茂認為這是一個非常具有潛力的提案，遂親自擔任了《超級瑪利歐賽車》的品質監督。
為了體現夢幻般的氛圍，遊戲原本設計的真實賽車被改成了充滿童趣的卡丁車，三級難度共 24 個賽道提供了玩家足夠的選擇餘地。《超級瑪利歐賽車》的可選角色共有 8 位，每個角色都具有各自的特點，比如碧姬和耀西的加速度比較快，庫巴王和大金剛的穩定性強，而瑪利歐和路易吉則實力相當平均。
在遊戲中還特別強調了角色的個性演出，角色在使用陷害道具時的誇張表情在當時尤其令人叫絕。遊戲中的道具設計是非常成功的閃光點，玩家通過獲得沿途的金幣以獲得加速效果，連續獲得 10 枚金幣便可以達到最高速度。
此外香蕉皮和鐳射光等道具可以用來阻礙對手前進，真正起到一發逆轉的作用。《超級瑪利歐賽車》的視點設計也可圈可點，無論大場景下的俯視視點還是對戰時的追尾視點等都完美表現出了真實的臨場感。為了完美體現賽車遊戲所追求的速度感，該遊戲還特意搭載了一枚 DSP 處理芯片，因此即使處理相當複雜的畫面背景和同屏幕同時出現多部車輛時依然保持流暢度。
《超級瑪利歐賽車》獲得《FAMICOM通信》等權威媒體異口同聲的高度評價，市場反響也遠遠超出了任天堂的預想，不但遊戲一再脫銷，由於熱衷對戰的狂潮更令得 SFC 的手柄長時間斷貨，這部作品在日本取得了累計出貨 382 萬份的銷量為 SFC 主機無可爭議的本土銷量 NO. 1，在海外這部作品的號召力更是有過之而無不及。
1994 年 1 月 21 日，IS 社開發的《火焰紋章－紋章之謎》成為任天堂發行的第一款 24 Mb 超大容量遊戲，這部作品憑藉著近乎完美的品質獲得了《FAMICOM通信》36 分的高評價，濱村通信等狂熱分子為此通宵不眠，一些業界的愛好者甚至還發起成立了所謂的 FE 教，劇本作者加賀昭三一夜間成為了社會名流。
《火焰紋章－紋章之謎》的累計出貨量突破了 80 萬份，為全系列銷量之冠。第一開發部和 IS 社還聯手開發了同樣使用 24 Mb 超大容量的 ACT 遊戲《超級銀河戰士》（《Super Metroid》），至今為止仍有許多專業人士將該作評為 2D 時代橫版 ACT 遊戲的頂峰之作，行雲流水般的流暢操作感甚至超過王牌軍團情報開發部，而畫面和音響效果也極具震撼力，該作在日本和海外都順利突破百萬銷量大關。
在 GB 平台，《超級瑪利歐大陸》系列依然一路高歌猛進，第一開發部的出石武宏還因為社長山內溥的一句戲言而創造了一個與瑪利歐截然相反的全新遊戲角色，貪婪而喜歡挖鼻孔的瓦利歐曾經在《超級瑪利歐大陸 2-六之金幣》中首度登場亮相，製作人員特意把他的形象與瑪利歐形成鮮明對照，山內溥某次心血來潮地來到開發場地試玩了遊戲，結果老眼昏花的他很快就 GAME OVER，山內自我解嘲地嘆道：「如果主角能夠不死就好了！」在場的出石武宏對此深有感觸，他認為消費者中有許多像山內社長那樣不善於動作遊戲的人，如果製作出一款主角為不死身的遊戲，或許能夠因此獲得新的消費人群，於是瓦利歐便躍居主角並逐漸確立了不死身的獨特遊戲特徵。
綜上所述，在橫井軍平主持大局的時代，任天堂敢於投入重金開發大製作遊戲，《超級銀河戰士》等兩款大容量遊戲的開發費用都高達上億日元。同時也積極嘗試和應用先端技術，比如《火焰紋章－紋章之謎》採用了當時某種特殊的圖像處理技術，遊戲片頭的紋章 LOGO 會根據劇情推移發生微妙變化，在當時曾傳為話題。
SQUARE 的迅速崛起也是橫井軍平在任天堂社內春風得意的重要原因。橫井一直是全力提攜 SQUARE 的慧眼伯樂，SQUARE 社是最早獲得 SFC 開發工具包的第三方軟體商之一，因此在進入 16 位元時代後逐漸取得了技術領先優勢，接連推出多款百萬大作而在日本本土聲名鵲起，取代了 KONAMI 等老牌廠商成為足以左右業界大勢的新銳力量。
1994 年，任天堂似乎走到了一個上升軌道的盡頭，在過去的連續 10 年裡，該社每年都因為業績超出原定計畫而向股民發放額外紅利，但這個商業神話終於成為了過去式。SFC 與 MD 在海外市場形成兩敗俱傷地死鬥局面，曾經風光無限 GB 也開始急速滑坡，年間發售軟體數量比上年度足足減少了一半，然而最令市場分析家擔憂的還是強勁競爭對手的不斷湧入，除了先前的 NEC 和世嘉，家電產業巨頭松下、索尼等也紛紛發表了明確地參入計畫。
任天堂似乎依舊穩坐釣魚台，同時發表了家用平台和攜帶平台的後續主機計畫，山內溥在 94 年中間期的業績說明會上充滿自信地說道：「如果某些家電廠商使用 CD-ROM 的 32 位機銷量能夠突破百萬台，我將辭去社長職務，並頭下腳上的倒立走路！」其矛頭主攻方向直指松下 3DO 和索尼 PLAYSTATION。
任天堂在這一年裡大張旗鼓地同時發表了 64 位家用主機和 32 位攜帶主機這兩款後續產品的開發計畫，在遊戲業界立即引起了地震般的轟動效應，在許多人的想法中兩款主機同時發表的幕後必然隱藏著殺傷力極大的連攜作戰目的，將是任天堂處心積慮醞釀多時的一次致命攻擊，但實際的真相卻與外界的猜測相距甚遠。
為了在軟體技術上完全壓倒索尼，任天堂決定從技術力更專業的歐美 IT 廠商尋求合作，在荒川實建議和引薦下與美國著名的硅圖像公司 (SGI) 簽署了共同開發次世代 64 位元主機的協議，竹田玄洋的第三開發部首次擔負起開發主力商品的重任。
竹田玄洋本人性格比較孤僻，平素裡一直不苟言笑，相比起橫井軍平和上村雅之兩人惇厚長者的行事做派，他在任天堂社內的口碑一直不算太高。第三開發部在任天堂全面進軍遊戲產業以來一直無所建樹，但是竹田本人並未因此失去山內溥的寵信，山內溥一直把第三開發部視為本社核心研發基地，以少數精銳的體制不惜重金秘密研究產業相關的先端技術。
竹田玄洋所部早在 80 年代中期就開始接觸 3D POLYGON 圖形技術並頗有建樹，其研究成果被應用到 SFC《星際火狐》等遊戲，任天堂曾計畫在 1994 年推出一款名為《超空間 VR 格鬥》的全 3D 街機遊戲，但是世嘉率先於 1993 年春推出了街機版初代《VR 戰士》，最終任天堂因為沒有必勝把握而將計畫擱淺。
竹田玄洋在接手次世代主機後就提案實現徹底 3D 化，憑藉 64 位 CPU 的演算能力在立體空間的表現能力上完全打垮索尼 PS 等競爭對手。山內溥本人對 64 位機寄託了前所未有地期望，他希望該主機能夠成為和 FC 同樣改變時代的里程碑，為此投入數億美元的巨資全力研發，山內溥不止一次在各種場合自豪地對自己的屬下以及其他人表示：「64 位機將徹底改變遊戲！」宮本茂的情報開發部再次擔負起製作首發主打遊戲的重任，對於這個過去創造過無數輝煌的團隊而言，他們所面對的是一個全新的創造空間，過去所有積累的經驗和成功都已經毫無價值，觀念和知識都需要從頭開始汲取。
任天堂最終決定依舊採用 MASK ROM 作為 64 位主機的軟體載體，以犧牲容量來換取數據處理速度，宮本茂必須使用一種陳舊過時的載體來容納未來，其創作的艱辛程度可想而知。
心直口快的橫井軍平在公開場合的一次發言引發了眾怒。
橫井軍平在 1995 年初接受《日本工業新聞》的專訪時坦率地表示：「任天堂過去一直的發展路線是短、小、輕、薄，山內社長在 70 年代就曾經反覆向我們強調這一點，然而近來任天堂的發展方向卻開始出現偏差，我本人對強調 64 位主機高性能的必要性感到疑問……」
從如今的角度來看待這番言論，橫井軍平確實具有先見之明，他認為任天堂刻意與索尼等競爭對手追逐技術前衛性是非常不明智的舉動，過份追求軟體高性能將導致開發成本直線上升，長此以往不利於遊戲產業健全發展，惟有獨闢蹊徑才是自存的萬全之計。
橫井軍平的爆彈言論立即在任天堂社內引起了軒然大波，他無形中把荒川實、宮本茂和竹田玄洋等 64 主機計畫的積極鼓吹者推到了自己的對立面，這些人過去在橫井軍平和社內一些保守勢力抗爭中至少還保持中立立場，如今卻發生急劇變化，橫井在社內幾乎陷入了完全孤立的境地，竹田玄洋則與他更發展到相對形同陌路。
橫井軍平的第一開發部也正加緊開發 32 位攜帶主機 VIRTUAL BOY，VR BOY 採用的成像技術是慶應大學某研究室於 1993 年推出的最新研究成果，其技術原理是將雙眼中同時生的相同圖像疊合成用點線組成的立體影像空間，但限於當時的技術力，這個研究成果還只能使用紅色液晶顯示單一色彩。
橫井軍平獲悉這個研究成果後非常興奮，他自信地認為該技術將為遊戲產業帶來前所未有的革命，立即向本社提交了具體的開發計畫。任天堂元老們對標新立異的 VR BOY 感到非常震驚，幾乎所有人都表示了強烈反對，但由於社長山內溥對橫井過去工作實績充滿了信賴，這個開發案最終獲得通過。
山內溥打算讓 VR BOY 取代已然日暮西山的 GB 成為新的第二經濟支柱。他在 1995 年春的股東大會上自信地許諾：「VR BOY 將在發售第一財務年度裡出荷 500 萬台，為任天堂帶來 800 億日元的利潤，股民也會獲得額外紅利！」 VIRTUAL BOY 於 1994 年末和 1995 年初分別在日本和美國的大型遊戲展會中進行了展示，觀眾的反饋意見並不理想，在當時 PS 等 32 位 CD-ROM 主機紛紛以精美 CG 動畫作為賣點的時代背景下，單調的點線圖形自然無法吸引廣大消費者的眼球。
開發者還發現了一個足以致命的技術問題，原先 VB 計畫以頭罩式眼鏡方式實現戶外娛樂的可能性，但是通過實際檢驗後發現頭部晃動會引起液晶偏振現象，導致圖像嚴重紊亂錯位，橫井軍平不得不重新調整開發計畫。
山內溥在 1995 年 5 月突然獨斷決定將 VB 於 7 月 15 日投放市場，促使山內作出這個錯誤判斷主要有兩個客觀原因；其一是 PS 和 SS 這兩款 32 位主機的市場銷售情況大大高於預想，在 5 月中同時突破了百萬大關，這令得先前立下重誓的山內溥頗感顏面無光，他急於祭出殺招將之扼殺於搖籃中。
另外一個原因是 7 月 15 日正逢日本學校放暑假之時，也是任天堂歷年的商品銷售旺季，山內認為選擇夏季商戰期間推出 VB 可保萬全。雖然橫井軍平百般抗辯依然無法改變社長的決定，為了趕在預定目標推出，第一開發部最終不得不把 VB 原先的頭罩眼鏡式設計改為三角支架平置桌面的妥協設計，完全失去了攜帶的意義。
在當時 TV 遊戲業的大環境下，VB 的存在合理性確實也值得質疑，大多數人的注意力都集中在 SFC 怒濤般的超大作群和新鮮出爐的 32 位主機，任天堂廣報部門的宣傳重點更是集中在呼之欲出的 64 位元家用主機，只有橫井軍平利用自身在業界的人脈關係四處奔走求援。VB 的軟體準備工作也並不充分，宮本茂以全力於 64 遊戲為理由拒絕讓情報開發部參與遊戲開發，社內只有第一開發部的區區數十人為之晝夜忙碌。
而第三方軟體商中真正認同 VR BOY 理念的參與者並不多，連當時與任天堂嫌隙漸生的 SQUARE 也藉故推委，主機預定發售日提前更造成不少重要軟體計畫大幅度延遲。
7 月 15 日，VIRTUAL BOY 終於在全日本公開發售，首批出貨達到了 70 萬台，然而幸運之神不再眷顧橫井軍平，該主機銷售兩週後僅消化了 14 萬台，小賣店為了中間期決算不得不開始以最低三折的價格恐慌性拋售 VB 主機和對應遊戲，許多參入廠商也紛紛宣佈取消開發計畫。一份來自競爭對手的污衊性報導也對 VB 的銷售完全停滯起到了重要作用，一個與索尼關係密切的所謂眼科權威專家在各大報刊連篇累牘地發表研究文章，指出 VIRTUAL BOY 所使用的虛擬成像技術會嚴重損害青少年視力，這個報導迅速在日本國內產生重大影響，還有什麼家長願意為自己的子女選購嚴重損害視力的玩具呢？
7 月末，任天堂社長山內溥不得不連續在初心會緊急對策會和中間期股東說明會上向合作夥伴和股民代表們鞠躬謝罪，這對於這個 10 多年來君臨天下的老人來說簡直是平生僅有的羞辱，愧恨萬分的他對肇事者橫井軍平失去了一貫的寬容和信賴。橫井軍平的失敗無疑是他所有的敵人期待多時的，任天堂社內幾乎異口同聲對其大張撻伐，令其幾無立錐之地。山內溥將全權負責軟體開發事宜的權限完全移交給了宮本茂，而橫井軍平則被指派開發 GAME BOY 的改良型號以填補因為 VB 失敗而形成的市場真空。
原任天堂第一開發部成員、後來擔任 COTO 會社開發部長的大下聰在橫井軍平逝世後曾向媒體描述過當時的處境：「橫井先生在任天堂社內確實已經四面楚歌，雖然社長並沒有加以斥責，但失敗的愧恨卻是顯而易見的。最終讓橫井決定離開的最主要原因，還是因為一位信賴的得意弟子兼部下的背叛……」這個被橫井軍平目為得意弟子兼部下的人顯然暗指宮本茂，VIRTUAL BOY 事件以後，宮本茂取代橫井成為了社內第一實權者，這樣的結局確實讓橫井萌生了去意。
導致橫井軍平無法在任天堂立足的另一重大原因便是 SQUARE 於 1996 年初的突然反戈，橫井一直都充當著 SQUARE 庇護者的身份，該社脫離任天堂陣營的罪責也全部被加諸橫井頭上。
事實上過去橫井軍平大力提攜 SQUARE 等第三方軟體廠商完全出於扶持遊戲產業健全發展的公心，未必存有樹立朋黨的私念，他對 SQUARE 的行動顯然一無所知。
1996 年 8 月 15 日，橫井軍平辭職離開了曾經努力工作了 30 多年的 任天堂。消息公開後，任天堂股票於次日因狂跌 10% 而不得不停牌，JP 摩根的市場分析家在評論這次股市大動盪時指出：「主要技術者的突然離職，令投資者對任天堂未來的創造活力產生了嚴重質疑……」
TV 遊戲產業歷史上曾有過太多表裡不一的外交辭令，然而當年 SQUARE 和任天堂分道揚鑣的真正原因確實如阪口博信在 1996 年 2 月 29 日的 PS 版《FFVII》發表會上宣稱的那樣：「雖然之前有過緊密的合作，遊戲製作理念的南轅北轍致使我們不得不與任天堂訣別……」任天堂絕對不可能忽略當時 SQUARE 在遊戲業界舉足輕重的影響力，為籠絡人心破天荒第一次提供自社的金牌遊戲角色共同開發《超級瑪利歐 RPG》，同時聯合出資成立 N64 專用軟體發行和銷售的流通會社，任天堂許諾未來與 SQUARE 分享獨佔市場的巨大利益。
但是 1995 財務年度數款對應 SFC 平台超大作的銷售不振讓 SQUARE 清醒認識到使用卡帶媒體存在的種種弊端，性能優越的索尼 PS 平台成為適合其未來發展的最終選擇，採用 CD-ROM 載體可以充分滿足播放 CG MOVIE 的需求，SQUARE 的遊戲開發者無須再為壓縮容量費勁心機。橫井軍平這個伯樂在任天堂社內突然失勢，也使得兩社間最至關重要的溝通渠道完全斷絕。
第三方軟體開發商的離反並非始於 SQUARE 的倒戈，PS 版《FFVII》的發表不過是起到了催化劑的效果，除了對任天堂獨佔市場的霸道作風不滿以外，另一個心照不宣的重要因素就是 N64 無法在 1995 年末如期發售，甚至有傳聞發售日會大幅押後整整一年。N64 的開發計畫確實遇到了重重困難，高性能 64 位 CPU R4000 的製造價格非常昂貴，竹田玄洋領軍的第三開發部為了壓縮軟體成本絞盡腦汁，但是直到 1994 年夏天依然沒有找到具備足夠數據傳輸能力的顯存。
或許正是機緣巧合，竹田玄洋偶然出席了在東京都舉辦的一次電腦軟體展覽會，一家名為 RAMBUS 的北美小公司展示的獨特顯存技術引起了他的濃厚興趣，RAMBUS 的 RDRAM 顯存擁有著著超高速存取數據的特性，雖然當時還存在著製造工藝問題，但 4 MB 容量對於 N64 已經足夠。竹田玄洋還獨創性地將顯存設計成可以替換式樣，一旦未來製造成本下降，可以通過增加顯存提升軟體處理能力。
任天堂在 N64 對應遊戲軟體製作上遇到的麻煩也絲毫不亞於軟體開發，情報開發部過去曾經創造過眾多足以堪稱不朽的作品，但為追求全三維效果的 N64 開發遊戲對他們來說就意味著要徹底摒棄 2D 時代積累的那些寶貴技術結晶。宮本茂反覆向同僚們指出：「我們需要製作的是過去別人從來沒有製作過的東西！」 《超級瑪利歐 64》（《SUPER MARIO 64》）集結了情報開發部 70% 以上的核心成員，甚至第一開發部和 NOA 也派出援軍參與後期製作，如此大規模開發團隊在任天堂建社以來也是絕無僅有的，這部作品僅純開發費用就高達 4000 萬美元，同樣為任天堂至今為止單款遊戲的最高預算。
僅僅 64 Mb 的卡帶容量，卻需要裝載下一個宏大逼真的全三維世界，宮本茂團隊為此竭盡了全力，但結果開發週期還是多次延期。宮本茂認為 N64 遊戲實現本質進化並不僅限於畫面效果，更重要的還是操作方式的徹底改變，為此他親自會同設計人員用黏土反覆研究和修改各種手柄造型，最終確定了後來的三叉戟式樣，首次使用類比搖桿的 N64 手柄不但可以充分實現 360 度全方位移動，背部增加的 Z 鍵也提供了更多的全新操作概念，這幾乎可以算得上是為《超級瑪利歐 64》所度身訂造的。
1995 年 11 月 15 日舉辦的任天堂初心會上《超級瑪利歐 64》首次揭開了神秘的面紗，這部作品的優秀程度遠遠超過了所有到訪者的想像，完全 3D 的箱庭世界裡大鬍子瑪利歐以每秒 60 幀的圖像切換速度縱橫自在的奔跑、飛行、游泳，動作的流暢和逼真程度令人瞠目結舌，其對存在感的強調是過去所有類似作品都無法比擬的。雖然在預展中未能盡窺全豹，但遊戲中設置的大量各異其趣的關卡設計讓在場者為豐富的內涵所徹底傾倒。
更令人震驚的是這樣一個出色遊戲的卡帶容量僅 64 Mb，人們不得不為任天堂的技術力所折服。山內溥社長在演講中自信地宣稱：「N64 將改變遊戲！」在這個 1995 年末最重要的遊戲展會上，任天堂正式確定 N64 將定於 1996 年 4 月 21 日發售，山內溥還公開宣稱著名製作人崛井雄二已經承諾在 N64 平台推出《DQ》系列最新作，對 SQUARE 的動向則諱莫如深。
《日本經濟新聞》在《FFVII》發表會前一個月已經對外披露了 SQUARE 正式參入 PS 陣營的消息，但無論任天堂、SQUARE 或索尼都沒有對此發表任何公開評論，彼此心照不宣地為即將到來的大博弈做最後的努力，山內溥把制勝的砝碼押在了和 SQUARE 知名度旗鼓相當的 ENIX。
並稱日本 RPG 雙璧的兩社，背裡卻充滿了競爭意識，1994 年初阪口博信成功說服了 ENIX 王牌製作人崛井雄二出馬負責 SFC 超大作 RPG《超時空之鑰》的劇本創作，雖然崛井不過寫了不滿一張 A4 紙的故事梗概，這個異常動向已經足夠引起 ENIX 社長福島康博的高度神經緊張，福島在聞訊當日便提升崛井為取締役常務董事。對於任天堂的極力拉攏，福島康博也頗有意借此與 SQUARE 決一雌雄，幾乎在 SQUARE 宣佈參入索尼同一時刻，ENIX 也針鋒相對地公開了對應 N64 第一彈作品《J 計畫 2》，但在外界的眼中，ENIX 謹慎參入 N64 所造成的市場反響遠不如 SQUARE 進軍 PS 那麼具有震撼力。
和當時第三方軟體廠商紛紛宣佈加盟 PS 陣營的盛況相對照，截止四月間日本僅有 8 家會社與任天堂達成了參入 N64 的意向，其中 SETA 計畫與主機同時推出《最強羽生將棋》是唯一一款確定發售日期的遊戲。HUDSON 和 KONAMI 是其中比較知名的大手企業，HUDSON 的取締役常務董事大裡幸夫在接受媒體採訪，不吝詞色地讚美 N64 的開發環境優越如同小麥粉，所謂「小麥粉」一說是指像揉捏濕麵糰一般隨心所欲地加工成餃子或麵餅等任意的點心，或許 HUDSON 當時尚未進入實質開發階段，大裡氏僅從《超級瑪利歐 64》的驚人畫面進行臆測，事實此後 HUDSON 在 N64 平台並沒有製作出什麼驚世骸俗的傑作，「小麥粉」不輒成為業界的笑柄。
KONAMI 大阪分社一口氣發表了三款對應 N64 的遊戲，其中橫版 ACT 名作的 3D 化續篇《大盜伍佑衛門-未來桃山幕府物語》的製作組在開發中途全體移籍 SQUARE (後來的《武藏傳》開發團隊)，致使這款計畫 1996 年夏發售的遊戲幾乎延期了一年。鑑於極端不利的外部輿論環境，任天堂不得不如許多人所預料的那樣以半導體供應不足為藉口宣佈將 N64 正式發售日再度押後至 6 月 21 日。
6 月 23 日 (實際 6 月 21 日即開始公開銷售)，N64 終於在日本本土發售，憑藉著任天堂強大的市場號召力，這款多災多難的話題主機在不到 10 天裡就銷售 50 萬台以上，比當初 PS 和 SS 的普及速度快了一倍以上，但是此後兩個月裡僅推出了《水上摩托艇 64》一款遊戲，空前的軟體飢渴導致軟體銷量隨之開始出現停滯，很快被大作疊出的 PS 遙遙領先。《FAMI通》雜誌給予了 N64 首發唯一的主力軟體《超級瑪利歐 64》39 分的超高評價，主編濱村通信由衷讚歎道：「除了遊戲中鏡頭切換的些微瑕疵，這部作品幾乎就是無懈可擊的……」《超級瑪利歐 64》提供了全新的 3D 遊戲概念，無論空間感還是操作性均達到了前所未有地高度，不過任天堂必須承受變革帶來的陣痛，德間書店出版的任天堂遊戲情報志的讀者調查獲悉約 34% 的玩家對全面 3D 化感到質疑，不少人希望維持過去的創作風格。《超級瑪利歐 64》在日本本土的最終銷量超過了 160 萬份，比較起過去歷代作品確實減少了許多，除卻軟體普及量的因素，消費者部分流失也是不爭的事實。對照《超級瑪利歐 64》在海外的受歡迎程度，日本玩家的保守顯而易見。
即使以局外人的角度來評價 1996 年 8 月中旬時點的任天堂，大概所有人都會做出「山窮水盡」的結論，全新主力商品 N64 嚴重滯銷，SFC 和 GB 市場又處於極度收縮死亡途中，核心技術者橫井軍平的突然退社更形同釜底抽薪，任天堂股票狂跌到不足每股 8000 日元，幾乎大部分的證券分析師都向發出投資者發出了警戒信號。昔日 TV 遊戲業界的霸主，此時卻淪落到了眾叛親離的淒涼境地，即使是一位加盟 N64 的第三方社長也在接受《FAMI通》專訪時肆無忌憚的調侃說參入原因不過是因為看到任天堂京都本社門前的草地過於青翠，以此諷刺其門庭冷落的景象。
事實上在社內圍繞著橫井軍平展開的內訌也嚴重削弱了任天堂的軟體開發實力，橫井出走以後，原統屬的第一開發部遭到了清算，幾乎所有開發項目都被終止計畫，大量屬員調派充實其他部門，該部門最少時僅剩下不足 10 名員工空守軀殼。清算也不可避免的波及有「影之第一開發部」之稱的 INTELLIGENT SYSTEMS，該社對應 SFC 平台的 S-RPG 超大作《火焰之紋章-聖戰的系譜》被中途砍去一半預算，令製作人加賀昭三大感不快，根據某任天堂系情報專門志對《聖戰的系譜》的製作成員訪談中獲悉該系列的 N64 版已經在醞釀中，然而直到 N64 主機淡出歷史舞台，《火焰之紋章 64》卻成為永遠無法實現的傳說。宮本茂還收回了 SFC 最賣座遊戲《瑪利歐賽車》的開發權，轉由情報開發部接手製作 N64 版續篇，部分原核心製作成員被整合入情報開發部。
N64 時代是任天堂充分展現自身開發實力的時代，N64 時代的輝煌實際由情報開發部和 RARE 所共同締造，昔日曾經創造過大批名作的第一開發部和 IS 社居然毫無作為，實在不能不令人唏噓感嘆。莫名的冷遇讓許多原橫井軍平屬下感到極度鬱悶和痛苦，當時日本遊戲業某些知名人士共同醞釀發行了一本業界評論刊物《遊戲批評》，該媒體以專業和立場客觀獲得資深人士的廣泛認可，包括田尻智等許多著名製作人都曾為該刊物實名或匿名撰稿。
1997 年出版的某期中一位自稱橫井軍平親信屬下的無名氏作者發表的文章引起了軒然大波，文章中對宮本茂的品格進行了影射攻擊，甚至宣稱宮本的遊戲設計創意大多抄襲自橫井軍平，該文的大量詳實細節令讀者們確信撰文者係任天堂資深員工。
據說任天堂對無名氏事件展開了內部排查，結果發現作者竟然是和宮本茂同時入社的阪本賀勇，曾主創過《銀河戰士》系列的阪本氏遭到了嚴厲制裁，他直到 1998 年才得以重新回歸開發現場。
似乎應驗了否極泰來的哲理，任天堂的社運在崩潰前夕出現了轉機。NOA (任天堂北美分社) 社長荒川實並不懂遊戲，但他是一個與生俱來的商業奇才，為人作派也與岳父山內溥的嚴厲苛刻截然不同，即使多年的商業競爭對手也對他謙謙君子的儒雅風度讚許有加，然而荒川對於商業經營決策的機敏果敢卻同樣令人欽佩。荒川實在 1996 年初對業界大勢進行評估，確定索尼 PS 將是未來主要的競爭對手，認為 N64 的 64 位高性能是向消費者宣傳的重點所在，為了集中經營資源，他斷然決定終止完成度已經相當高的 SFC 版《星際火狐 2》等遊戲開發，全面轉換經營核心。
1996 年 5 月 15-16 日在洛杉磯會展中心召開的 E3 大會，任天堂耗資 400 萬美元佈置的豪華展位成為萬眾矚目的焦點，數十台 N64 試玩機前擠滿了等候體驗的人群，《超級瑪利歐 64》為代表的出展軟體獲得一致好評，荒川實親自在會場一角的接待室向來訪的商家介紹新商品的詳細情況。
雖然 N64 出展獲得圓滿成功，但是市場壓力依然非常沉重，SCEA 在 E3 會場正式宣佈將 PS 降價到 199 美元，同時公佈了《古墓麗影》和《蠱惑狼》等大批強力新作，荒川實斷言如果堅持 N64 原先預定的 250 美元價格將在未來商戰中處於不利境地，必須將價格調整到 PS 同等水平才能確保成功，為此 NOA 和任天堂日本總部發生了意見分歧，荒川幾度親自飛回京都和山內溥反覆爭論磋商，終於達到了預期目的。
9 月中旬，正式價格為 199 美元的 N64 在全美上市，僅僅不到兩週時間就突破百萬銷量，各地都出現了嚴重缺貨現象，為了及時補充貨源，任天堂不惜代價包租大型商用貨機日夜從日本本土運輸 N64 主機，該主機在 1996 年末 3 個多月時間內在北美就達到了 330 萬台出貨量，一舉超越了早發售足足一年的 PS，從而確立了長期優勢地位。RARE 原先不過是英國鄉間一家名不見經傳的小型遊戲開發工作室，在荒川實的大力提攜下這家公司迅速成長為任天堂在 N64 時代最重要的第二方合作夥伴，該社 1997 年 7 月 31 日推出的 3D FPS 不朽名作《007-黃金眼》在歐美地區引發了長達兩年多的流行熱潮，僅美國一地的累計銷量就突破了 500 萬份。
針對 N64 軟體開發困難的不利弊端，荒川實針對性地鼓吹大作至上主義，通過不惜血本的廣告宣傳把消費者的視線聚焦在數量有限的一些大作遊戲，因此取得了非常成功的市場反響。多年後一位美國第三方軟體廠商的高層曾經如此說：「N64 是任天堂給合作者出的有史以來最大一道難題，卡帶容量等許多問題都嚴重制約了遊戲開發成果，荒川實憑藉商業天才讓一款原本注定失敗的主機取得了巨大成功……」
（注：這裡似乎有遺漏了一段，或是原文段落順序錯置了）
即便田尻智本人也沒有預料到《神奇寶貝》能夠取得如此空前的成功。田尻智中學時代起就是一個狂熱的遊戲玩家，進入東京高等專科學校後更因為自行編寫一本名為《GAME FREAK》的同人刊物而聲名鵲起，後來他在遊戲業名人遠藤雅伸介紹下結識了橫井軍平，開始參與 GB 遊戲的開發。
《神奇寶貝》的構想始於 1990 年，田尻智想製作一款讓廣大兒童接受的遊戲，聯想到自己幼年時捕捉昆蟲和垂釣青蛙的往事，決定以具有豐富個性的動物角色作為遊戲的主題。橫井軍平也提供了他相當有價值的建議：「攜帶用遊戲機的表現力肯定不能和家用機相頡抗，但是其便攜性和通信機能等優勢也是獨特的長處，如果能夠製作出一款能讓玩家相互交流協作的遊戲必然會大成功。」這樣一個 8 Mb 的遊戲田尻智前後製作了近六年，其中光進行系統調整就約一年半，他在設計時特意做了巧妙的構想，部分強力神奇寶貝的進化需要兩台主機連接進行數據交換才能成功，其提供玩家互動的創意訴求具有劃時代的革命意義。在 95 年初期開發即將收尾時宮本茂又向他提出：「如果用怪物不同出現機率的細微調整來製作多個版本，可能會使得趣味性和商品價值都得到進一步提高。」田尻智認為這個相當英明的建議，便重新對《神奇寶貝》做了調整，這個遊戲最初以紅、綠兩個版本發售，初期出荷約 30 萬本。1996 年初的攜帶遊戲市場已經瀕臨崩潰邊緣，《FAMI通》雜誌著名的兩位 MM 編輯渡邊美紀和伊莎貝拉永野曾就 GAME BOY 和 GAME GEAR 兩款難兄難弟孰先從新作軟體榜上消失打賭，任天堂為了彌補 VB 失敗形成的市場真空，緊急開發了改良型號 GAME BOY POCKET 維持局面。
《神奇寶貝》從來就沒有進入過《FAMI通》新作期待榜 TOP 30 之列，評分僅有差強人意的 28 分，任天堂的廣告投放量也非常有限。到了次年 3 月末，人們驚奇的發現一款百萬大作無聲無息地誕生了，隨後的兩年間《神奇寶貝-赤/綠》的銷量不跌反升，1997 年內的累計銷量竟然還超過了上一年，這在整個遊戲史也是絕無僅有的奇蹟，《神奇寶貝》引發了世界性的流行風潮，攜帶主機市場也隨之再度全面復甦。《神奇寶貝》的成功集合了多重偶然因素，《FAMI通》編輯部曾經不遺餘力地推廣宣傳這款遊戲，其間《神奇寶貝》動畫片的暈眩事件也起了反宣傳的效應，最關鍵的還是借助同時期 BANDAI《寵物蛋》引發的電子寵物熱潮，《神奇寶貝》的遊戲性和耐玩性遠遠高於娛樂形式單一的《寵物蛋》，當消費者對《寵物蛋》失去興趣後，《神奇寶貝》便順理成章地完全囊括了市場。
《神奇寶貝》奇蹟再次改寫了遊戲產業的發展軌跡，失去了家用機市場主導地位的任天堂重新建立了攜帶遊戲這片豐饒的後花園，擁有了足夠和索尼分庭抗禮的資本。山內溥對於《神奇寶貝》系列的成功有著自己獨特的見解：「如今的許多消費者已經厭倦了一個人獨自坐在電視機前玩遊戲，更渴望隨時隨地的輕鬆娛樂和互動交流，未來攜帶主機將迎來高速增長的時期……」
（注：上面這一大段可能真的錯置了。）
時勢所逼，任天堂的經營思想在 N64 時代開始發生了重大轉變。日本《遊戲批評》把 1996 年末發售的《瑪利歐賽車 64》評價為分水嶺式代表作品，《瑪利歐賽車 64》與其 SFC 版前作的創作思想存在著本質差異，IS 社開發的 SFC 版非常強調相互追逐的速度感，面向消費層非常廣泛，64 版對操作進行簡潔化處理，其賣點更著眼於多人對戰的亂鬥樂趣，訴求的受眾年齡層明顯向下移動。
正如《遊戲批評》中所嘲笑的那樣；《瑪利歐賽車 64》開場時呼喊遊戲標題的電子模擬童聲簡直是不打自招的奇特設定，令許多過去堅定支持的高年齡玩家感到莫名困惑。任天堂清醒意識到高中生以上的高年齡消費層已經大半被索尼和世嘉所蠶食殆盡，惟有退守尚屬真空帶的低年齡消費層才是長期自存之道，該社的經營思想無意間與日本國內少子化的大氣候相吻合，因此市場佔有率不斷提升。任天堂遊戲低齡化傾向與宮本茂也不無關係，作為主持軟體開發大局的唯一靈魂人物，宮本大師偏向童趣化的創作思想直接影響了全局，原橫井軍平系統的全面失勢也導致高年齡層向遊戲出現了斷層。
由於和者甚寡，任天堂開始著眼於年末商戰展開其經營戰略，該社將手中有限的王牌於聖誕節前後的兩個月間集中施放，以丟卒保帥的策略確保一年一度最重要銷售時期的主導權，這個策略取得圓滿成功，從 1998 年開始至今，任天堂始終保持著聖誕霸者的桂冠，全年度中將近半數的銷售業績來自這個時間段。甚至有幾年達到了 60% 以上的驚人比例。
1997 年 1 月 14 日，SCE 在東京舉辦盛大的 PS 全球出貨 1000 萬台慶祝酒會，RPG 老鋪 ENIX 社長福島康博應邀出席，他在席間正式宣佈了超大作《DQVII》將在 PS 平台發售的消息，這個驚人消息引起了全場沸騰，無疑宣告了日本本土次世代主機大戰塵埃落定。山內溥在 6 月舉行的任天堂股東說明會上承認了 N64 在本土家用機主導權爭奪中落敗的現實，但他保證該主機將繼續受到全力支持。
為了應對來自競爭對手的壓力，任天堂隨後一口氣發表了諸如《MOTHER 3》、《火焰之紋章 64》等大批重量級遊戲刺激市場，不過其中相當部分不過是虛無縹緲的幌子，甚至連企畫書都從來沒有完成。面對眾叛親離的局面，山內溥自然不甘心失敗，決意重新建立起一個第三方軟體體系，為此和利庫路特集團 (Recruit) 合資成立名為 MARIGUL MANAGEMENT 的中介發行機構，該機構主要目的是向有作為的個人和團體提供資金援助，解除他們軟體開發的後顧之憂，其名稱來源是 MARIO 和 利庫路特集團吉祥物海鷗 (seagull) 的合體。
MARIGUL 的設立源於任天堂特別經營顧問平林久和向山內溥提供的建議，平林氏是日本著名的遊戲評論家，1996 年初曾經與靜岡大學助理教授赤尾晃一共同在《日本經濟新聞》連載《遊戲的大學》，被公認為新人進入遊戲業界必讀的文章，他還長期為《FAMI通》等專業媒體提供業界時評，以觀點清晰敏銳見稱，後因盛名被任天堂禮聘為特別經營顧問。
平林久和提出了「工房」的概念，希望任天堂等大企業向小型開發團隊提供資金和技術等各方面的提攜，重新塑造一批個性化的遊戲品牌，從而達到回歸原點的目的，他的提議和山內溥重塑江山的企圖不謀而合，因此計畫得以立即實施，首批和 MARIGUL 締結合作契約的包括中村光一和 Noise 等個人和經營會社 (筆者在調查資料時發現了一個非常有趣的細節；利庫路特集團當時最大的股東居然是 SQUARE 的大東家宮本雅史，但沒有任何實在資料可以說明宮本雅史在 MARIGUL 計畫中是否發揮過作用)。
現實證明了平林久和的「工房」理念對於日益規模化的日本 TV 遊戲產業來說還是過於烏托邦，即便有著大財團的鼎力支持，那些小型開發團體的影響力和工作效率始終無法和 SQUARE 或 CAPCOM 這些成名數十載的第三方軟體商相比，更何況開發環境惡劣的 N64 原本就不適合於弱勢群體的生存，任天堂在 2000 年後終於將 MARIGUL MANAGEMENT 解散。
雖然復辟夢想未能成功，MARIGUL 的存在對日本 TV 遊戲產業的發展做出了無法磨滅的積極貢獻，任天堂在廣大獨立製作人和中小第三方軟體商心目中的形象得到極大改善。MARIGUL 解散後，原「傑克與豆之巨木計畫」招募成員被歸併入 INTELLIGENT SYSTEMS，該社的開發實力得到迅速恢復，製作了《神奇寶貝剪影》和《瑪利歐故事》等 N64 著名遊戲。Noise 和猿樂廳等小型會社也以第二方形式編列入任天堂陣營，Noise 全體骨幹成員均來自原世嘉街機版《電腦戰機 VR ON》開發小組，加盟後開發出以操作爽快見稱的《自作機器人》系列。猿樂廳是一家事業內容非常獨特的會社，該社並不直接參與遊戲開發，而主要從事對遊戲試玩版進行評估測試以達到品質向上目的，偶爾也擔當遊戲企畫工作，據說《動物森林》等許多任天堂名作均有猿樂廳這個幕後英雄的功勞。MARIGUL 的慷慨解囊不但使得財寶、CHUNSOFT 等一些昔日有名的中小型會社得以重新回歸第一線，更令齋藤由多加 (原名齋藤裕)、飯田和敏等獨立製作人開始嶄露頭角。
齋藤由多加曾經計畫為 N64 開發一款音聲控制的另類遊戲《人面魚》，結果發現卡帶的有限容量無法裝載龐大的語音系統，宮本茂主動提議齋藤轉換平台至世嘉新主機 DREAMCAST，後來《人面魚》成為 DC 在日本本土銷量最高的遊戲。MARIGUL 也間接成為撮合任天堂和世嘉兩個多年夙敵走向合作的橋樑，出任 MARIGUL 社長的香山哲以能言善辯深得世嘉最大股東-CSK 集團總裁大川功器重，後進入世嘉歷任常務執行董事乃至社長等要職，足可謂平步青雲。
1997 年初秋，任天堂在千葉幕張舉辦了 NINTENDO SPACE WORLD 遊戲展覽會，山內溥在開幕首日做了具有里程碑意義的基調講演，在演講中首次把任天堂的遊戲開發理念歸納為「收集、育成、追加、交換」這著名的遊戲四要素，當有記者詢問起任天堂對家用主機不利局面的對策時，山內若有所指地鄭重表示：「1998 年末商戰將是確立 TV 遊戲產業未來方向的決定性時刻！」1997 年中任天堂在攜帶遊戲領域收穫頗豐，《神奇寶貝-赤/綠》取得了全球 500 萬份以上的驚人銷售記錄，但該社在家用主機領域的競爭卻呈現出惡化的態勢，N64 在北美市場獨領風騷了整整一年後似乎呈現出強弩之末的跡象，SCEA 利用聖誕商戰期發動全面大反攻，《古墓麗影》和《FFVII》等大作連發而取得壓倒性勝利，重新奪回了市場主導權。
日本本土的 N64 年末主力遊戲是情報開發部製作的《耀西故事》，這部 ACT 遊戲獨創性地設計了卡通風格的吹塑紙舞台背景，擬似立體空間的縱深感覺非常強烈，以小恐龍耀西為主角的該作操作非常簡潔，流程長度設計也恰到好處，完全針對低年齡玩家所開發。任天堂對《耀西故事》的市場前景並不樂觀，首批出貨不過 30 萬份，但是市場反響之熱烈大大超出預期，所有出貨在聖誕節期間便全數售完，還有不少攜子女聞訊趕來的父母們失望而歸，小賣店紛紛向任天堂緊急追加訂貨，但當第二批卡帶於半月後再度上市時已經錯過了最佳銷售時機，《耀西故事》的累計銷量約 72 萬份，如果供貨充足的話完全有希望突破百萬。
自從 1995 年初心會上驚鴻一瞥，《塞爾達傳說 64》便如同石沉大海般再無聲息，只是遊戲媒體上刊登的發售日期不斷向後推移，人們的熱切期待並沒有因此減退，真假難辨的星點訊息都足以引起廣泛的討論話題。曾經有傳聞聲稱《塞爾達傳說 64》因為技術原因可能終止開發，其間還發生了擔任插畫的石之森章太郎大師的突然病逝的不祥事件，宮本茂在接受採訪時表示《超級瑪利歐 64》最多只發揮了 N64 不到 60% 的軟體機能，《塞爾達傳說 64》才是真正徹底展現任天堂最高實力的作品。雖然 N64 因為軟體匱乏長期低迷不振，但任天堂的經營層始終保持著異乎尋常地鎮定，直到 1998 年初春才逐步揭開了神秘大作的面紗。
《FAMI通》雜誌設立了《塞爾達傳說 64》獨家連續報導專欄，玩家們逐漸瞭解到這部作品以時間為主題，一種名為 ocarina 的神秘樂器將貫穿整個劇情……5 月的亞特蘭大 E3 遊戲展，《塞爾達傳說-時之洋笛》首次在日本本土以外公開展出，預料之中的取得了與會者一致讚賞，人們需要經過一個多小時的排隊等待才能得到短短幾分鐘的親身體驗機會，任天堂的展區因此始終保持著人頭攢動的空前盛況。NOA 主席霍華德.林肯自豪地對廣大媒體記者宣佈：「《塞爾達傳說-時之洋笛》將成為 TV 遊戲史上最偉大的遊戲作品！」眾多專業媒體和相關機構聯合評選的 E3 遊戲大獎也給予了同樣的積極評價，《塞爾達傳說-時之洋笛》眾望所歸地被評為了 1998 年度 E3 最佳遊戲大獎，全球玩家的期待度已經達到了沸騰臨界點。
1998 年 11 月 21 日，日本各地的電玩專賣店出現了久違的行列，成千上萬的玩家急切地把期待已久的超大作捧回家中。《塞爾達傳說-時之笛》再次上演了大作牽引主機銷量的神話，N64 的周銷量由前周 3 千台以下的冰點急速躍升到 15 萬台以上，這是該主機兩年多來第一次將 PS 主機踩在腳下，此後憑藉著《元氣皮卡丘》、《哥倆好》等作品的連攜，N64 主機在 1998 年底掀起了相當成功的反攻浪潮，但是因為缺乏其他第三方廠商的應援，任天堂精心安排的一次戰略大反攻最終因後繼乏力宣告失敗。
宮本茂曾經惋惜地說：「如果那時我們能得到哪怕一點的協助，可能未來的局勢就會完全不同。」《塞爾達傳說-時之笛》國內銷量 145 萬份，而海外則更達到了 620 萬份的天文數字，原本已經被視為窮途末路的 N64 自此迎來了整整兩年的黃金時光。」
《FAMI通》給予了《塞爾達傳說 64》史上最初的 40 分滿分評價，濱村通信等人總結性的評語代表了大多數玩家的心聲：「滿分並不意味著這個遊戲是完美無缺的，給予如此的評價無非是向製作人員對遊戲本質的不懈追求表示我們最高敬意！」在歐美地區，IGN 和 GAMSPOT 也爭相賦予了《塞爾達傳說 64》的滿分評價，那些苛刻的評論員異口同聲地不吝溢美之辭，這樣的殊榮堪稱空前絕後。
相比《超級瑪利歐 64》，任天堂情報開發部的技術人員對三維立體空間存在感和縱深感的理解又達到了新的高度，過去的 3D 遊戲只能讓玩家體驗立體感覺，而《塞爾達傳說 64》則讓人徹底感受到空氣流動的空間感。視點轉換的難題也通過 LOCK ON 系統 (鎖定系統) 得到了徹底改善。該作品完全繼承了 2D《塞爾達》時代的探索和解謎等核心要素，揭開謎題後獲得的成就感無法用言語來名狀。
即使是日本業界人士也對 1999 年發生的「神奇寶貝所有權風波」知之甚少，實際上這個事件的結局足以改變遊戲產業未來數十年的勢力圖，山內溥憑藉著個人的睿智讓任天堂再次渡過了命運的暗礁，而另一顆曾經炙手可熱的璀璨明星卻從此銷聲匿跡……
株式會社 POKEMON (簡稱 TPC) 成立於 1998 年 4 月，由任天堂、Creatures、GAME FREAK 三社共同出資組建，該社成立的目的主要是對全球範圍的神奇寶貝系列產品的著作權益進行統合管理，最鼎盛時期有 400 家以上會社參與出品一萬種以上的相關商品。
由於對任天堂獨享神奇寶貝所帶來巨大利益的羨妒，某大手映畫會社暗中挑唆鼓動「神奇寶貝之父」田尻智進行抗爭，1999 年初時傳出了該超級大作有可能在任天堂系以外的軟體平台發售的消息。面對即將爆發的嚴重危機，任天堂社長山內溥果斷地親自出馬和各方利益集團進行談判磋商，最終成功地將主動權牢牢掌握在自己手中 (傳聞岩田聰能夠繼任社長的很大原因是在調停此事件中發揮了重要作用)。
2000 年 10 月，POKEMON 進行了重組，小學館、TV 東京、JEKI 東日本企畫三社成為了新股東，Creatures 社長石原恆和出任社長。雖然表面上任天堂對 POKEMON 的控股權由先前的 50.1% 下降到 30.1%，但由於暗中強化了對 Creatures 和 GAME FREAK 股權控制的緣故，該社的話語權實際反而得到了進一步提高。新會社對神奇寶貝相關的權益做出了以下的分配；所有遊戲相關的利潤由任天堂等原控股三社支配，而其他諸如動畫、玩具等收入則由六社按持有股份比例進行分配。各大勢力集團由於各得其所而自此偃旗息鼓，乖乖俯首聽命於任天堂的運籌安排，而田尻智則不幸成了商業利益的犧牲品，原先圍繞在身邊的媒體記者們一夜之間忽然消失地無影無蹤，他從此完全淡出了業界，石原恆和則儼然成為了新的「神奇寶貝之父」。
近聞醉生夢死的田尻智因誤服迷幻藥劑陷入精神崩潰狀況，不管怎麼說，這位曾經耀眼的遊戲業界巨星確實已經消逝黯淡。如果窺透了隱藏在黑幕深處的玄機，我們不難從中瞭解到 GBA 版《神奇寶貝-紅寶石/藍寶石》何以直到 2002 年末才姍姍來遲的真正原因。從財務運作的角度分析，POKEMON 已經由任天堂的子會社變成適用持分法的關聯會社 (關聯會社一般指持有股權超過 20% 但低於 50% 的附屬性企業)，表面上使用了持分法的 POKEMON 社經營業績和任天堂並沒有直接聯繫，但由於任天堂實際完全掌握了該社的主導權，即使利用兩社關係暗中進行諸如資本轉移等非常商業運作手段也是輕而易舉的。
1999 年，將家用遊戲主機霸主寶座拱手相讓於索尼的任天堂王朝並沒有如許多人預想的那樣沒落崩潰，反而奇蹟般地達到了事業發展的新高峰，該財務年度的純利潤達到了創記錄的 1200 億日元，原因除了攜帶遊戲主機市場的江山一統，不朽名作《塞爾達傳說-時之笛》的推出也令一度山窮水盡的 N64 主機再度復活。遊戲產業勢力圖的消長進退令所有從業者密切關注，人們不得不對任天堂這家百年老鋪的存在價值進行重新審視，一些曾經疏離背棄的盟友再度開始了合作的嘗試，其中 CAPCOM 的急速接近姿態尤其令業界刮目相看。
CAPCOM 在任天堂最低潮時期曾完全與之斷絕合作，1998 年之前的長達兩年間幾乎沒有在任天堂系的軟體平台上推出過什麼像樣的遊戲，社長遷本憲三更多次在公開場合抨擊 N64 延續使用卡帶載體的保守經營方針，但是任天堂在遊戲業界的再度崛起 (尤其在北美市場的強勁號召力) 不得不讓 CAPCOM 重新評估市場投資方向。在常務執行董事岡本吉起的大力推動下，CAPCOM 於 1998 年全面參入任天堂陣營，該社於當年末發表了 N64 卡帶版《生化危機 II》，當時被大多數業界人士認為是有欺詐嫌疑的無稽之談，CD-ROM 兩枚組的遊戲無論如何也不可能被裝進容量有限的卡帶中。
CAPCOM 設立在加利福尼亞州的 ANGEL STUDIOS 集中了大量技術精英，NOA (美國任天堂) 也派遣了支援小組協同作戰，任天堂還向 CAPCOM 開放了自社獨有的 1:8 數據壓縮技術，最終容量 512 Mb 的《生化危機 II》成為了 N64 主機上第一款也是唯一一款全程語音和全頻 CG 動畫的遊戲，除瞭解析度稍低外與原 PS 版本幾乎毫無差異，燈影火光和水面波紋等特效還做了強化處理，特別具有收藏價值的是 N64 版本還增加了 16 個 EX 檔案，檔案裡的資料甚至還暗示了《生化危機外傳-代號：維羅尼卡》和《生化危機 0》的相關劇情。發售時期關係導致 N64 卡帶版《生化危機 II》全世界銷量僅約 60 萬份，但對於 CAPCOM 和任天堂兩者卻是一次非常有意義的嘗試，通過真誠的合作消除了過去一直存在的芥蒂。
幾乎在發表世嘉 DC 版《生化危機外傳-代號：維羅尼卡》的同時，CAPCOM 也發表對應 N64 平台的最新作《生化危機 0》，這部作品最初是準備配合 64 DD 同期發售的，後因為形勢所迫不得不改為卡帶版，容量的侷限令參與製作的成員飽償了艱辛，後這款開發進度超過 70% 的遊戲又轉移平台至 NGC。在美國方面曾經有傳言《鬼武者》原本是一款對應 N64 平台名為《生化危機 VS 武士》的遊戲，後因為經營戰略的考量和負責開發的稻船敬二等強烈反對遂計畫變更，從種種跡象判斷此等說法未必空穴來風。
CAPCOM 還和任天堂合資成立了軟體開發會社 FLAGSHIP，任天堂對強力盟友的重歸陣營也不吝恩賞，甚至慷慨授予了 GAME BOY 平台的《塞爾達傳說》系列最新作的製作權，CAPCOM 因為代工開發獲利頗豐。
雖然 N64 在全球市場的競爭輸給了新力 PS，但是如果加上 GB 獨領風騷的攜帶遊戲領域，任天堂在 1999 年的總市場佔有率達到了 47% 以上，新力的份額為 42%，昔日勁敵世嘉則萎縮到僅有 10% 左右。DREAMCAST 的銷售嚴重不振讓業界全體意識到世嘉被迫退出硬體市場競爭已經是遲早的事情，任天堂儼然將成為唯一足以製衡新力的勢力，出於對硬體一家獨大局面的莫名恐懼和任天堂的強勁上升勢頭，一些第三方大手廠商對未來局勢做出了錯誤的判斷。NAMCO 曾經是協助新力 PS 成功的重要力量，該社社長中村雅哉卻在 1999 年 3 月末接受專業媒體採訪時斷言 N64 的后繼主機將取得更大的成功， NAMCO 授權任天堂的北美子會社 NST 開發了 N64 版《山脊賽車》，負責協調和監督這個項目的正是以後接任任天堂社長的岩田聰。
並不是所有的遊戲業界人士都對任天堂的未來前景表示樂觀，曾經擔任過任天堂社外經營顧問的日本著名業界評論家平林久和認為:「經過主流的 PS 長期孕育和熏陶，新一代玩家和製作人已經被新力品牌所征服，任天堂的消費用戶正在不斷流失，品牌認知度的下降將導致在下一週期的軟硬體銷售都不可避免的出現明顯下降……」許多第三方廠商對於任天堂硬體平台日趨明顯的寡占化和少子化的傾向表示擔憂困惑，KONAMI 是日本唯一一家自始至終支持 N64 的大手廠商，最初的時期該社獲益頗豐，但隨著時間的推移，該社的遊戲銷路卻不斷下滑，這種狀況和任天堂自身日益強勢有著密切關係，KONAMI 在 PS 版《MGS》獲得空前成功以後逐步把主要精力轉向了新力陣營。
KOEI 在 N64 全盛時期推出了殿堂大作《WINBACK》，但在日本本土的銷量卻非常慘淡，該社發現產品定位和任天堂系硬體的用戶層存在極大差異，此后也開始抱消極觀望態度。
1999 年 3 月 3 日，也就是 SCE 在「PLAYSATION MEETING 1999」首次正式發表 PS2 的次日，任天堂在東京都高級會所也召開了大型記者招待會，山內溥和松下電器株式會社社長森下洋一共同出席，任天堂針鋒相對地公佈了代號為「海豚」(Dolphin) 的新型家用主機開發計畫，會場上沒有公佈任何硬體規格的細節，更沒有任何相關的影像和圖片的演示，只是聲明與松下、IBM 等共同研發，性能指標將凌駕 PS2 之上。許多與會的記者認為這個發表會不過是任天堂牽製競爭對手的緊急對策，海豚計畫的開發進度或許還僅限於紙面上。緊接著是 5 月 11 日，任天堂在洛杉磯 E3 大展前日舉行了例行的新聞發布會，當 NOA 會長霍華德.林肯宣佈「海豚」將首次採用 DVD 光盤作為軟體載體時，全場頓時響起了如潮的歡呼聲，事后許多第三方對任天堂大膽擯棄卡帶媒體的舉動表示了讚賞。然而從 E3 會場的出展情況可以看出，N64 依然是任天堂在未來很長一段時間內的戰略重心，任天堂一舉展出了《馬利奧高爾夫》、《星球大戰前傳》和《完美黑暗》等 10 多款力作。
會場的角落中傳來了一絲不和諧音，傳聞 PC 軟體業巨頭微軟也將大舉涉足家用遊戲領域，不過當時絕大多數的人都是抱著笑談的心理來討論這件新聞。同年 8 月末在日本千葉幕張舉辦的 NINTENDO SPACE WORLD 遊戲展示會上，社長山內溥在演講中透露了 GAME BOY 後續主機的開發計畫，知情人士透露該主機將搭載 32 位元 RISC 型 CPU ARM7。2000 年 4 月 10 日，NOA 在西雅圖召開了開發商會議，正式公佈了 GAME BOY ADVANCE 的具體細節，宮本茂在會議上詳盡透露了 GBA 和海豚的聯動戰略，至此任天堂的宏大的未來戰略終於得以完全展露在世人面前。
從表像看來，似乎任天堂的未來計畫正按著既定步驟順利進行中……
2000 年 8 月 24 日，正式命名為 GAMECUBE 的全新家用主機在 NINTENDO SPACE WORLD 2000 首度公開展出，任天堂還在當天和 ATI 簽署了委托製造圖像處理用 LSI 的獨家合約。
2001 年 1 月 22 日，SQUARE 召開了戰略發表會，社長鈴木尚首次公開表達了希望加入任天堂 GBA 開發陣營的強烈意愿。
2001 年 3 月 21 日，GBA 正式在日本本土銷售，出現了長時期的供不應求狀況。
2001 年 5 月 16 日，E3 遊戲展開幕的前一天，任天堂新任常務執行董事岩田聰在例行新聞發布會上發布了該公司的新戰略「The Nintendo difference」，現場播放的 GAMECUBE 開發中影像 DEMO 獲得了廣泛好評。
2001 年 9 月 13 日，CAPCOM 第四開發部於 NGC 發售前日在東京都舉行了大型新聞發布會，開發本部長三上真司宣佈《生化危機》系列的最新作將被 NGC 完全獨佔，宮本茂親自到場表示祝賀。
2001 年 9 月 4 日，NGC 在日本本土發售。
2001 年 11 月 5 日，NGC 於年末商戰期投入北美市場。
2002 年 2 月 22 日，任天堂在日本 AOU SHOW 上和世嘉、NAMCO 共同發表了利用 NGC 核心技術開發的大型街機基板 TRIFORCE，三社因此結成了策略聯盟。
2002 年 3 月 9 日，SQUARE 與任天堂達成了和解，以第二開發本部長兼常務董事河津秋敏個人名義成立的 Game Designers Studio 將為任天堂 NGC 開發《FFCC》。
NGC 在各方面都具備了讓任天堂重返王座的潛質，但是結局卻非常的不幸，該主機確定無疑的成為了京都老鋪至今為止最失敗的家用主機平台，甚至因此陷入了戰略上的完全被動，至今仍然處於守勢。回眸歷史，我們時常為那些轉瞬即逝的因緣際會油然感嘆或會心一笑，或許誠如山內溥所言，世間的成敗原本就是命中注定的事情，但是任天堂的挫折還是帶給我們太多太多的反思。
岩田聰等任天堂高層一直把 NGC 失敗的主要原因歸結為發售時期過晚，這絕非虛飾的托詞，一再延誤時機導致了整個戰略計畫徹底破產。根據可靠的資料獲悉，海豚計畫幾乎和世嘉 DC 同時期啟動，在 1998 年初任天堂綜合開發本部 (原第三開發部) 就和松下電器進行了接觸，松下因此完全終止了 3DO-M2 的複活計畫，海豚最初版本的原型機大致在 1998 年末開發完成。
1999 年 3 月 2 日 PS2 硬體規格初公開后，任天堂對硬體規格進行了重新設計，務求在儘可能控製製造成本的前提下性能完全超越 PS2，原本 NGC 完全有可能趕在 2000 年末商戰的最佳時期發售，但是社長山內溥卻做出了嚴重的錯誤判斷。福兮禍之所倚，N64 在 1998 年末的敗軍復活可以算得上是 TV 遊戲史經典的商業案例，但是正是因此才造成了後繼主機上市的大幅延遲。
如果仔細分析一下 1996-2000 年這五年間任天堂的財務報表，我們會驚訝的發現該社在家用主機領域的獲利甚至超過了過去絕大多數獨霸天下的時間，這是因為任天堂本廠的軟體銷售幾乎完全壟斷了市場，另外 N64 作為當時唯一使用卡帶媒體的主流硬體，在製定價格時擁有絕對話語權，同時卡帶的製造成本比較起 FC/SFC 時代也有了極大降低，由此也不難理解當初任天堂提倡少數精銳的深層含義。
《塞爾達傳說-時之笛》的成功使得 N64 在 1999 年進入了新的上升期，其銷量的飛躍在日本本土尤其明顯，甚至完全壓制了世嘉的新主機 DC，幾乎每款貼著任天堂標籤的遊戲都會取得 50 萬份以上的驚人銷量。山內溥對時局做出了錯誤的判斷，由於推出新主機需要投入莫大資金 (NGC 的初期投資為 10.3 億美元)，而且新主機的利潤率也遠不如舊主機 (當時 N64 的硬體成本已經很低，故利潤相當可觀，另外 NGC 採用 DVD 規格需向松下支付權利金)，另外 N64 暫時的繁榮景象也令經營層產生了錯覺，因此 NGC 的上市計畫被大大押后。直到 2000 年末 PS2 完全在全球市場占穩腳跟，微軟 XBOX 又橫空出世，而老邁年高的 N64 終於盡顯頹勢，這時候任天堂才匆忙啟動新主機上市計畫。
NGC 首發不利的根本原因在於主打游戲《路易吉的鬼屋》缺乏足夠市場號召力，任天堂主力開發團隊情報開發部轉換平台過於延遲，導致了初期階段軟體不足和品性下降，由此造成了消費者對任天堂品牌信賴度急速下降。事實上由於事先缺乏計畫性，整個至關重要的前期普及階段，任天堂系統的第一方和第二方開發團隊大多都不在狀態，惟有 HAL 研究所開發的《任天堂全明星大亂斗 DX》掙回了些許顏面。
至於第三方的協調和聯絡，任天堂的懈怠更是令人吃驚，其本土地域的開發工具包發放時間居然還晚於 2000 年 4 月 1 日才正式成立日本 XBOX 事業部的微軟。當然，CAPCOM 算是一個例外，蜜月交往期的該社幾乎和 HAL 研究所同時早期獲得了 NGC 開發工具包。
不妨假想一下 NGC 趕在 2000 年耶誕節發售的情況;2000 年的 PS2 可謂盡顯豐收的貧乏，雖然年間全球硬體出貨量接近 800 萬台 (據說實際銷售不足 70%)，但銷售突破 50 萬份的遊戲僅有 NAMCO《鐵拳 TT》和 SQUARE《劇空間野球》兩款，軟體的匱乏使得許多消費者僅將這台昂貴的主機用來播放 DVD 影片或玩《DQVII》等 PS 大作，由於硬體供應嚴重不足，耶誕商戰期間 PS2 的硬體銷量僅占北美地區的 6%，而日本本土由於缺乏有力軟體支持，PS2 的銷售情況也大大低於商家預期。至於 PS2 初期的開發環境也備受詬病，三上真司和小島秀夫等就曾多次公開指責數據庫不完善的問題。
如果 NGC 能夠有備而來，絕對可以不讓 PS2 專美耶誕商戰時期，在《GTA3》和《FFX》等超大作發售前站穩腳跟。至少在將近一年的時間裡，NGC 有機會儘可能拉大和 XBOX 的普及台數差距，許多第三方廠商將因此而減少對 XBOX 的支持力度。回頭再審視 NGC 的正式發售時期，用至凶至惡來形容是再恰當不過的了，是時正好迎來了 PS2 全盛的黃金時期，《GTA3》、《潛龍諜影 2-自由之子》和《真-三國無雙 2》等超大作接踵發售，該年耶誕節期間 PS2 的全球總銷量突破了 500 萬台 (超過同時期 NGC 和 XBOX 銷量合計)。新生的雛兒焉有展足存身的餘地?更何況還有 XBOX 貼身肉搏。
NGC 倉促上陣造成了一系列災難性的連鎖回應，最致命的便是曾經被山內溥認為硬體普及最重要的遊戲軟體始終處於嚴重不足或品性下滑，任天堂第一方及第二方的整體戰略部署在關鍵的初期普及階段就陷入了空前的大混亂，正是前所未有的軟體戰略失敗才造成了今日任天堂的被動局面。
或許許多人並不真正了解這樣的事實，任天堂 (情報開發部) 在 N64 正式發售的兩年之前就對該硬體著手研究，從最初的六人到後來的百人團隊，該社投入了大量的人力和物力進行了準備，任天堂在海外最有力的第二方 RARE 也幾乎同時啟動了新主機的軟體研發計畫，也正是經過相當長時間的蓄力準備，任天堂才能夠拿出至今仍然堪稱最完美的首發遊戲《超級馬利奧 64》。
然而情報開發部轉移主力至 NGC 平台的準備期卻非常短，根據 2000 年的遊戲發售情況大致推測，其主力全力著手新主機開發研究的緩沖期大約在一年前後，而 RARE 等可能更晚些。由於先期準備嚴重不足的緣故，NGC 首發的主打作品居然是情報開發部的新秀紺野秀樹領軍開發的短劇級遊戲《路易吉的鬼屋》，為了能夠如期發售，這款遊戲不得不刪削了大量精彩的關卡和劇情設計，宮本茂和紺野氏對此一直耿耿於懷。
此後被作為主打遊戲的《PIKMIN》是宮本茂轉入幕後指揮工作後久違的新作，據說最初被情報開發部用來測試硬體機能的這款遊戲無論品性、創意還是完成度都達到了相當高的水準，堪稱 128 位元時代屈指可數的傑作，我們不得不為之擊節贊嘆，任天堂的遊戲設計者竟然將原本只能透過鍵盤和鼠標實現的複雜操作透過手柄按鍵就能夠應付裕如。《PIKMIN》充分體現了 NGC 主機強大的硬體性能，參照宮本茂家屋後庭園風景設計的複雜關卡場景中一草一木的描繪都纖毫畢現，流水和煙火的表現更是非常逼真。更加值得稱道的是，《PIKMIN》在展現同螢幕大量活動角色時毫無拖慢現象，100 個可愛的 PIKMIN 都具備了簡單的獨自 IE 思考能力。
《PIKMIN》是這個即將逝去的遊戲時代中被過低評價的優秀作品之一，該遊戲充分展現了情報開發部的創造力和技術力，我們甚至無法將這款作品歸納入現有任何一種遊戲類型的範疇，但卻融合了多元化的娛樂元素。然而其並非能夠牽引硬體普及的戰略級超大作，充其量不過是宮本茂大師偶發雅興的閑逸短劇。《PIKMIN》在日本本土的累計銷量約 57 萬份，具有諷刺意味的是，相當部分消費者購入這款遊戲的動機僅僅出於某種好奇心，《PIKMIN》的電視廣告 CM 主題曲《愛之歌》意外引發了大流行風潮，單曲唱片的銷量達到了近 80 萬份。
遊戲廣告單曲唱片銷量凌駕遊戲本身銷量之上，也算是例年罕見的奇特現象。此後相當長一段時間裡，情報開發部再也拿不出完成度可以媲美《PIKMIN》的遊戲，為了填補遊戲真空期，任天堂不得不玩起了炒冷飯或所謂複刻強化版的把戲。《動物番長》從 N64 轉換平台開發，畫面效果幾乎沒有任何強化，《巨人多西》和《動物森林+》也不過是 N64 作品的補完版本。更有甚者，任天堂居然還把十多年前的《馬利奧醫生》等益智類遊戲湊成合集推出，其情狀之窘迫可見於一斑。
廣大玩家對於 NGC 最大的失望和造成任天堂整體戰略崩潰的根源，從表像看似乎應該歸結於《超級瑪利歐》和《塞爾達傳說》兩款超級王牌大作的商戰失利。《超級陽光瑪利歐》(《SUPER MARIO SUNSHINE》) 發售以後引起了日美各地許多任天堂忠實擁躉的強烈不滿,不少人發表感想以懷念過去那個為追求遊戲品性不惜經常跳票的任天堂。
任天堂把《超級陽光瑪利歐》視為一款至關重要的戰略商品，遊戲發售的一年前就開始大造聲勢進行宣傳，在日本甚至聯合各大雜誌社組織許多瑪利歐愛好者走上街頭扮演這個著名的虛擬偶像，進而引發了廣泛的社會話題。玩家們對時隔五年推出的瑪利歐系列最新作也期待度滿點，過去 64 Mb 容量的《超級瑪利歐 64》讓許多人相信情報開發部使用 1.5 G 特製 DVD 的超大容量必然將這個王牌巨作演繹進化一個新的境界。《超級陽光瑪利歐》於預定的 2002 年 7 月 19 日這個夏季商戰的最佳時機面市，但其市場回應卻相當令人失望，直到該年結束才勉強達到了 60 萬份銷量，而北美地區雖然突破了百萬但也和當初《超級瑪利歐 64》600 萬份的狂熱景象相去甚遠。
日美各大遊戲威權媒體給予的評價也都大大低於前作，《FAMI通》的評分為 36 分。任天堂情報開發部是否已經技術退步?事實並非如此。從《超級陽光瑪利歐》的畫面水準我們可以看出情開的技術力比過去有了很大提升，僅僅使用了秒間 30 幀就完全超過了過去《超級瑪利歐 64》秒間 60 幀的動作流暢度。至於一向被認為是 3D 遊戲痼症頑疾的視點切換問題也給出了相當滿意的答案，開發人員採用自動視點和手動視點巧妙切替的模式實現了鏡頭轉換的真實流暢度。
如果我們把《超級陽光瑪利歐》前幾關的場景配置和謎題設置與任天堂過去的所有 3D ACT 類遊戲仔細比較，也能驚喜發現開發人員的製作技巧又有了非常明顯的提升。《超級陽光瑪利歐》的失敗主要源於兩個字─「時間」，為了趕上預定的發售時間，情報開發部失去了許多反覆磨礪調整的寶貴機會，該遊戲後半程的敷衍塞責相當明顯，瑪利歐與庫巴王父子在大浴缸內決戰的草草收場更讓玩家懷念起當初《超級瑪利歐 64》中兩個宿敵在星之領域中死斗酣戰的激烈場面。
當年 64 Mb 容量的《超級瑪利歐 64》的 15 大關卡曾經讓玩家們大呼過癮，雖然《超級陽光瑪利歐》的場景比前作複雜了許多，但玩家還是對只有 7 個大場景表示了強烈不滿，容量數百倍增加以後遊戲的趣味度反而下降，這確實不能不讓人質疑。趕工的原因也造成了遊戲中的演出手法過於單調重複，比如進入每一關前的魔花大戰和追蹤小庫巴的水幫浦奪回戰都令人感到厭煩，全然失去了前作那種自在無盡的大氣魄。
主持《超級陽光瑪利歐》製作的是情報開發部中被視為宮本茂未來傳人的小泉歡晃，他的表現證明其藝術功底比起前輩還有著很大的差距，或許宮本茂大師那種天馬行空的超凡遐想力原本就是常人無法替代的?!誠如以後任天堂社長岩田聰所激烈批判的那樣，小泉歡晃等人在設計作業系統過於紛繁複雜導致許多 LIGHT USER 對之敬而遠之，這和宮本試圖製作只使用一個按鍵的遊戲的先見之明高下立見。
被視為《超級陽光瑪利歐》賣點的全新飛行道具──「水幫浦」的設計也是一把雙刃劍，雖然「水幫浦」可以實現過去無法達成的空中轉折等複雜動作，但作為瑪利歐正統最大賣點的「跳躍」技巧卻因此而被削弱。
宮本茂藝術家風格的任性也導致了任天堂在商業決策上犯了大錯誤。2000 年 9 月舉辦的 NINTENDO SPACE WORLD 2000 上，任天堂首次披露了 NGC 版《塞爾達傳說》的 DEMO 畫面，那是一段成年後的林克同魔王加洛在殿堂對決的場景，英氣逼人的七頭身林克的形象和近乎完美的貼圖品性讓在場的塞爾達 FANS 無不歡聲雀躍。
的確，伴隨著塞爾達成長的一代人已經長大，他們非常期待能看到真實比例的林克活躍在遊戲舞台上，任天堂此刻所展現的一切無疑就是他們的夢想和憧憬。雖然任天堂並在會展上並沒有正式確認那段 DEMO 就是遊戲實際開發畫面，但宮本茂在現場發表 NGC 主機遊戲完全可以達到同等品性的宣言讓所有的人確信無疑。不到一分鐘時間的影像透過網路和媒體迅速傳遍世界各地，隨之而來的是玩家對 NGC 主機未來的無限期待。
NINTENDO SPACE WORLD 2000 以後，NGC 版《塞爾達傳說》的官方消息猶如石沉大海，惟有謠言和猜測四處撥弄著狂熱玩家的心弦，即使在 2001 年的美國 E3 大展中，任天堂還是沒有正式發表《塞爾達傳說》，宮本茂僅在展後的記者獨家訪談中隱約透露真正的製品版將會和現下玩家想像中的完全不同。次年的 NINTENDO SPACE WORLD (任天堂舉辦的最後一屆獨立展會)，首次正式發表的 NGC 版《塞爾達傳說》幾乎讓所有初次目睹的人都產生了巨大的心理落差，代替先前道統寫實 CG 貼圖技術的是採用 Cel-shaded 技術 (卡通渲染化技術、也稱 2.5 D 技術) 的三頭身 Q 版卡通畫面，長著一對貓目的林克形象顯得非常幼小稚嫩。
從現場影像的完成度判斷，這部正式命名為《塞爾達傳說-風之杖》的作品至少已經開發了一年以上，或許之前那段影像不過是任天堂用來迷惑競爭對手的道具，許多玩家感到非常憤怒，抗議的呼聲透過 E-MAIL 和書信潮水般涌到任天堂在日本和美國的總部，在各大相關 BBS 也充斥著飽含詛咒字句的發洩之詞，一向穩坐釣魚台的任天堂也感到不知所措，急忙對外發布真實比例版本的塞爾達傳說也同時開發中的消息來平息眾怒，宮本茂也正式向玩家發表了改變開發方針的原委:「一年前，我們很認真的製作你們在 SPACE WORLD 2000 上所看到的《塞爾達傳說》版本，但之後我卻開始懷疑新的塞爾達傳說中林克的理想年齡是幾歲，成長的林克難道真的是我想要追求的嗎?你們應該知道一個產品獲得狂熱的評價而變成一個名作，然後下一年就會出現許多類似的遊戲來追隨這個情勢。
看看電影、看看日本的卡通，他們都只是追隨一個類似的趨勢，而且一般大眾從來不能分辨它們，這正是我們最擔心的地方，於是我想做的是製作比別人更好的遊戲而且不能忽視某些不同東西的重要性。」2002 年的 E3 展，《塞爾達傳說-風之杖》終於更加真實地展現下人們的面前，大家對那近乎高成本卡通片一般流暢的畫面逐漸認同，該遊戲的期待度再次扶搖直上。
從 E3 展的公開展示圖像中我們清楚看到任天堂乃至宮本茂的開發團隊並非對玩家的消費心理毫無洞察力，《塞爾達傳說-風之杖》在許多設計思路上都刻意迎合了未來的發展潮流。首先在操作上進行簡化，比如在演示中推箱子的動作只需要按著 R 鍵即可，而蕩秋千動作則使用類比搖杆即可自由調整方向和繩索擺動幅度，情報開發部顯然吸取了玩家對前兩部作品過於繁難的回饋意見後進行了人性化的改進，從以後製品版本的體驗感覺來看他們的辛勤努力並沒有白費。
對於遊戲電影化的詮釋方法，早在 SFC《塞爾達傳說-眾神的遺產》時宮本茂就有著自己獨特的想法，作為一個以動作解謎為要點的遊戲，《眾神的遺產》的電影化描述手法令其劇情感染力絲毫不遜於當時的 RPG 大作，鏡頭的自然切換也頗見功力。對於《塞爾達傳說-風之杖》，宮本茂提出了新的理念「目之力」，所謂的目之力就是指遊戲中角色充滿感染力的眼神，透過對眼神的細致描繪，林克推箱子時的專注、掉入岩漿的痛楚和隱藏在黑暗窺探時的戒備等表情都很完美地反映在鏡頭中，那些誇張而頗具諧劇效果的眼神也為遊戲平添了幾分魅力。
《塞爾達傳說-風之杖》於年末商戰時期推出，《FAMI通》給予了 40 分的滿分評價，如果僅僅去評價獲得風之杖之前的部分，這款遊戲確實完美無缺，然而許多玩家對此後無聊的「拼圖遊戲」感覺厭煩，遊戲後期的拖沓再次證明了情報開發部倉促趕工所造成的有心無力，後來歐洲的某些專業 EMU 愛好者甚至還從《塞爾達傳說-風之杖》的 ROM 中意外發現了兩個在成品中被廢棄的迷宮場景。兩大王牌大作的完成度均不如 N64 平台的前作，距離玩家們的期待更是相去甚遠，因此銷量出現了大幅滑坡。
為了解決自社開發人力不足的問題，同時也意在籠絡人心，任天堂將諸如《F-ZERO》和《星際火狐》等本社名作委托給世嘉、NAMCO 等大手第三方開發，但遊戲的品性大多不如前作，其結果也算是事倍功半。NAMCO 代為開發的 NGC 版《星際火狐-突襲》是一個非常典型的事例，原先號稱將由《王牌空戰》系列開發小組接手開發的該遊戲，結局不過只派遣了一名普通成員擔負監製，開發日期輾轉遷延將近三年。在《星際火狐-突襲》正式發售前一年，NAMCO 一名高層在試玩了即將完工的遊戲後即私下斷言其為 KUSOGAME (垃圾遊戲)，為了應付任天堂的最終審核，開發小組不得不重新回爐修補，然而最終成品的風評依然非常低下。
第二方 (SECOND PARTY) 是任天堂在 TV 遊戲業首創的軟體合作開發模式，透過控股或特殊契約直接掌控一些有實力的軟體開發會社，更進一步達到獨佔利益的目的。
在 FC 發售以來的 20 年間，除了 INTELLIGENT SYSTEMS 和 HAL 研究所等先後被納入任天堂陣營，即便是 SQUARE 和 DATA EAST 等著名的軟體開發廠商也曾短時期托庇麾下。眾多的第三方中，沒有任何一家的重要性可以比擬 RARE，這家座落於蘇格蘭鄉間的小會社為 N64 主機全球普及所做出的貢獻絲毫不亞於嫡系的情報開發部，該社接連製作了《暴烈推土機》和《007 黃金眼》等多款成人向遊戲，使得任天堂的產品線得以延伸補完。
2000 年開始，員工擴充了數倍的 RARE 卻出現了嚴重的管理混亂現象，產品開發效率大幅度下降，任天堂曾經先後派遣岩田聰等高層插手干預，依然無法扭轉頹勢，當任天堂意識到 RARE 已經成為了徒耗金錢的無底洞時，無奈之下於 2002 年 9 月 24 日以 3.75 億美元的價格把這棵曾經的搖錢樹拱手轉讓給了微軟。失去了 RARE 以後導致任天堂遊戲過於低齡化的弱點徹底暴露在消費者面前，因此流失了大量高年齡層玩家，更進一步導致了 NGC 在歐美市場的商業競爭中處於不利地位。
雖然 Retro Studios (NGC《Metriod Prime》的開發商) 接替成為任天堂在歐美地區的第二方領軍團隊，其影響力畢竟無法比擬全盛時期的 RARE。原橫井軍平嫡系的 IS 社一直不受到宮本茂的重視，這家最早的第二方雖然創作活力非常旺盛，但卻一直被指令負責 GBA 遊戲的開發，直到後期才在 NGC 平台推出了低預算的《火焰紋章-蒼炎之軌跡》。曾經在 N64 頗有建樹的 CAMELOT 在 NGC 時代步履蹣跚，《馬利奧高爾夫》和《馬利奧網球》兩款遊戲的銷量遠不如預期。
至於在 NGC 啟動初期風頭甚勁的山名學領軍的原《DQVII》開發團隊 Genius Sonority，接手製作了《神奇寶貝競技場》系列兩作，口碑只能算不過不失。NGC 時代最成功的第二方無疑是 HAL 研究所，該社僅用 13 個月就製作出了品性優秀的《任天堂全明星大亂鬥 DX》，這款於 2001 年末推出的作品一舉扭轉了主機首發不利的頹勢突破了百萬台大關。《任天堂全明星大亂鬥 DX》是任天堂在 NGC 時代銷量最高的遊戲，不但是日本本土唯一一款百萬作品，其全球累計銷量也達到了 500 萬以上。
不過和微軟陣營的 BUNGIE (《HALO》系列開發團隊) 相比，HAL 研究所也只能聊發瑜亮之嘆，況且該社原本就屬於慢工出細活類型，著名製作人櫻井政博的退職更造成了不小衝擊。總而言之，在 NGC 時代任天堂陣營並沒有出現類似 IS 和 RARE 那樣光芒奪目的第二方團隊，今後對投資方向進行大調整勢所必然。
雖然沒有出現世嘉那樣表面化的激烈權利爭鬥，任天堂的內部也決非水面無波，日本本社和美國分社 (NOA) 的齟齬摩擦從來就沒有中斷過，矛盾焦點集中在山內溥和女婿荒川實之間經營理念的巨大分歧。荒川實畢業於美國著名的麻省理工學院土木工程系，正當在丸紅商社的事業蒸蒸日上之時，在岳父百般游說下加盟了當時年銷售額不足 20 億日元的任天堂，他本身並不懂得電子，甚至幾乎從來不玩遊戲，卻憑借著過人的商業頭腦赤手空拳打下了任天堂在北美的偌大基業。
荒川性格低調而沉穩，但在商業競爭中卻顯示出果斷狠辣的氣魄，連續數次毫不手軟的大手筆挽狂瀾於既倒，NOA 在北美的營業收入最高時 (1998 年) 達到了任天堂的 70% 以上。很多業界人士都曾經斷言，無論個人才干聲望還是家系關係，荒川實都是任天堂社長的不二之選，然而山內溥對此卻猶豫再三。翁婿交惡並非旦夕間所造成，荒川實非常注重商品的包裝，動輒耗費巨資進行大張旗鼓的宣傳造勢，NOA 例年的營銷費用均佔據任天堂的大半，山內溥雖然對此非常不滿，但在出色的業績面前也無可奈何。
或許山內家長子克仁的北美任職風波是矛盾的重要導火線，山內溥內心非常期望克仁能夠繼承家業，於上世紀 90 年代初派遣他前往北美分社任職，希望荒川實能從旁大力提攜，然而克仁本身乃是日本業界著名的紈子弟，其在北美期間鬧了不少笑話，山內溥後來不得不把他調回本社擔任資料室主管的閑職，並因此和荒川產生了嫌隙。1998 年初，時任 NOA 會長的霍華德.林肯和荒川實曾經向山內溥建議;由於當時任天堂 70% 的業績來源於北美，為便於財務決算的考量，建議將任天堂本社遷移美國，這無疑對山內的自尊心造成了極大挫傷。
此後接踵發生了微軟收購案，荒川實主導的 NOA 傾向於在股價接近歷史最高位時脫手任天堂的遊戲事業，以避免未來必然發生的無休止商業泥沼戰，和山內溥的意見再次發生了嚴重分歧。山內溥非常擔心一旦荒川實繼任以後，任天堂將完全向自己期望的相反方向發展而導致傾覆，最終選擇了性格溫和謙恭的岩田聰作為傳人。為了掃除未來的障礙，山內溥有計畫的對 NOA 經營層進行清算調整。
2000 年 2 月，霍華德.林肯因健康原因為理由宣佈退休。
2001 年 4 月的經營會議，荒川實的名字沒有出現下執行董事的名單中，許多人錯覺這是荒川即將接任社長的前兆。
2002 年 2 月 8 日，荒川實在西雅圖的辦公室正式宣佈辭去 NOA 社長，由君島達己接替了職位。
2002 年末，NOA 副社長皮特.曼恩宣佈退休。
自此，昔日草創基業三劍客完全被排除出 NOA 經營層，山內溥終於真正將北美事業置於自己的掌握中。北美事業的動盪造成了非常嚴重的後果，那些舊日立下汗馬功勞的重臣們人人自危，微軟和新力等競爭對手更趁機從中上下其手，許多人因此跳槽另謀高就。NGC 的北美行銷計畫就在如此的大混亂局面中艱難展開，非常可悲的是，當時微軟 XBOX 事業本部的員工有將近三分之一來自原 NOA，任天堂的舉動幾乎完全為敵手所窺察，其敗局原本便在情理之中。
荒川實離職後在夏威夷的毛伊芳島隱居了長達兩年，2004 年 BBC 電視台的橫財 (Outrageous Fortunes) 欄目對荒川夫婦進行了專訪，他們對外透露了許多任天堂的內幕，任天堂曾經試圖阻止這個訪問最終未果。荒川實在節目尾聲時不無感傷地提到;山內溥曾表示除非有生意上的合作，絕對不會主動到夏威夷看望女兒和女婿。
NGC 的市場定位和硬體設計也存在著致命缺陷。NGC 應該算是任天堂綜合開發本部至今為止的最高傑作，正如竹田玄洋本人 2001 年秋接受《日本工業新聞》記者專訪時談到的那樣，NGC 是一台徹底總結了 N64 硬體設計缺陷開發出的革命性產品。N64 時代沿用卡帶媒體曾導致任天堂的軟體開發者倍受局限，不得不經常在螺螄殼裡做道場，許多優秀的創意設計都因為容量限制而半途廢棄。
宮本茂本人 1997 年在接受《FAMI通》採訪時也坦言 PS 主機的開發環境是當時三大硬體平台中最優秀的，當時此言論曾在業界造成不小風波，更有好事者借此斷言是宮本大師即將「叛逃」新力陣營的前兆。經過了深刻的反省，竹田玄洋和宮本茂這兩位分別負責軟硬體開發的總設計師聯名上書社長山內溥，堅決要求次世代主機使用光盤媒體，此舉動引起了社內保守勢力的激烈反對。
任天堂的前身是一家生產撲克和花札等商品的成人玩具會社，該社始終把遊戲主機定位為純粹的玩具，而且其核心消費層的年齡呈現逐步下移的趨勢，安全和耐久一向是任天堂商品設計的關鍵考量點，我們不妨研究一下 SFC 以降的歷代任氏主機，其外形設計全部是平滑而毫無棱角，旨在避免對較低年齡層用戶造成不必要傷害。一些社內保守人士以快速旋轉的光盤容易傷人等荒誕理由反對竹田他們的提案，對於經營者山內溥而言，卡帶媒體最讓他眷戀難舍的莫過於極其豐濃的獨佔利潤。竹田玄洋等竭盡全力向山內溥闡明使用光盤媒體是大勢所趨，山內在權衡利弊後不得不做出了妥協。為了不讓玩家在無謂的等待中破壞遊戲的感覺 (宮本茂語)，同時也是為了有效防止盜版，任天堂借助松下的技術開發了容量為 1.5 G 的 8 厘米特製 DVD 光盤，松下的技術人員曾經希望 NGC 能夠兼容 DVD 和 CD，這個提議遭到了嚴詞拒絕。
任天堂的視野過多集中在遊戲領域，並沒有對當今廣大青年消費者的購買心理變化進行足夠了解，山內溥在 PS2 發售後曾嘲笑道:「遊戲的本質是娛樂，利用影像聲音來作賣點的都將被淘汰!」事實證明 DVD 播放功能在 PS2 的初期普及階段貢獻巨大，睿智的老人因為其理念的局限性再次做出了錯誤的判斷。松下曾推出了可播放 DVD 和 CD 的 NGC 兼容機 Q，但由於該社經營層對遊戲商品的市場前景根本漠不關心，從來沒有進行過任何廣告宣傳，這在訊息傳媒化的時代是足以致命的，更況且該主機的定價也偏高，Q 僅僅出貨 5 萬台便永久終止了生產。
在遊戲容量日益膨大化的 128 位元時代後期，8 厘米 DVD 區區 1.5 G 的容量也成為了制約遊戲開發的瓶頸，許多超大容量的跨平台遊戲因此無法移植或有所縮水。
對於網路遊戲發展趨勢的短視無疑是 NGC 硬體設計最大的敗筆。任天堂早在 1995 年末就開始進行家用遊戲平台的網路化嘗試，結果其 BS 衛星通信服務以虧損數十億日元慘敗收場，其後的 64 DD 計畫更是因為一再錯失時機無疾而終，接連的挫折讓任天堂經營層做出了「網路遊戲流行時期尚早」的錯誤結論。雖然 NGC 在設計時也安排了網路界面，但不過是聊以應景的敷衍而已，任天堂本社甚至沒有任何網路計畫。
世嘉 DC 宣佈退出硬體市場競爭後，世嘉的中裕司等將 NGC 視為 DC 二代而鼎力支持，中氏把嘔心瀝血創作的 MORPG 名作《夢幻之星網路版》率先於 NGC 平台發售，由於寬帶上網套件發售延遲，《夢幻之星網路版》最初只能撥號上網，雖然網路環境並不好，該遊戲在日本本土的最高同時在線人數還是突破了 10 萬人 (至今為止僅次於 PS2《FFXI》的優異成績)。
然而當第二次大更新時該遊戲出現了重大 BUG，由於 NGC 沒有搭載硬碟的設計，世嘉無法及時在線更新版本，不得不透過無償更換資料盤的方法進行補救，因應對時日遷延而造成的大混亂局面給一度好調發展的《夢幻之星網絡版》造成了沉重打擊，此後便一蹶不振。SQUARE 對應 PS2 平台的網路遊戲《FFXI》發售以後，山內溥酸溜溜地對媒體說:「一個原先擁有數百萬用戶的超大作遊戲，網路化後其用戶減少到幾十萬甚至更少，我個人覺得這是絕對不劃算的事情!」山內顯然並沒有充分理解網路遊戲和單機遊戲各自贏利模式所存在的巨大差異，網路遊戲具有長期性投資和收益的鮮明特徵，《FFXI》在連續虧損兩年後開始贏利，最巔峰時每月可為 SQUARE-ENIX 帶來 8 億日元的豐濃利潤。
從另一角度我們也能看出任天堂之所以徘徊觀望，是生怕一旦網路化不成功後會損害現有遊戲品牌的價值。正如曾經創建了 RARE 的現微軟遊戲事業部高層 Ken. Lobb 所雲:「任天堂的網路戰略陷入了不可自拔的泥沼……」任天堂有著大量適合進行網路化的遊戲作品，例如《馬利奧賽車》和《動物森林》，《馬利奧賽車》的 N64 版本擁有全球接近 1000 萬套的驚人銷量，在 NGC 版發售一年前，北美各大網站關於希望增加網路對戰服務的玩家請願活動此起彼伏，然而任天堂的開發者對此置若罔聞。微軟 XBOX 能夠在歐美以微弱優勢壓倒 NGC，很大程度借助於 XBOX LIVE 網路服務的成功，每天有數十萬計的玩家透過聯線對戰《HALO》，網路賦予了這款遊戲全新的娛樂體驗。
任天堂對於網路的漫不經心，除了 NGC 硬體設計的局限性以外，另一個原因就是擔心對一直鼓吹的家用機和掌機的聯動戰略造成衝擊。山內溥一直期望透過絕對強勢的 GBA 掌機來拉抬家用主機的銷量，然而並沒有多少人願意在限制的環境下體驗聯動的樂趣，即便任天堂本社也沒有製作出真正體現聯動魅力的作品。時至今日，EA 的《FIFA 足球》等競技類遊戲的 XBOX/PS2 版大多具備網路對戰功能，而不對應網路的 NGC 版往往因此失色頗多，這樣的局面誠非竹田玄洋等所愿見到。所幸任天堂已經對遊戲網路化有了充分認識，未來 NDS 和「Revolution」都將以網路為主要賣點，相信蟄伏蓄勢多時的巨人必然有一番大作為。
「來者不拒、去者不追」是任天堂對待第三方廠商的一貫態度，這種傲慢態度曾經導致了 32 位元時代眾叛親離的局面，而全體第三方對於任天堂的戒懼之心在 NGC 發售前夕已經有了極大改變。PS2 發售以後，新力為了減輕硬體巨額赤字造成的財務壓力，大幅提升了權利金標準，甚至連 NAMCO 等昔日協力盟友也未能幸免，而且 PS2 極端惡劣的開發環境也讓眾多廠商叫苦不迭，因此一時間出現了人心浮動的不穩狀況，包括 FROM-SOFTWARE 這種依靠 PS 平台發家的新銳廠商都主動向任天堂示好。
任天堂確實也非常有誠意的和諸如 NAMCO 和世嘉等一些過去積怨頗深的第三方恢復合作，然後該社始終沒有擺脫少數精銳的經營理念，NGC 自命為開發最廉價簡易的硬體平台，實質參入的中小廠商卻屈指可數，根本原因還是設置的參入門檻過高，任天堂只希望拉攏一些實力型大手廠商加盟，依然徹底貫徹其大作主義思想，最終導致徒勞無功。在對待 SQUARE 參入問題上，山內溥的率性而為使得在旁觀者眼中的任天堂缺乏容人之量，並錯失了最佳的合作時機。1999 年秋，SQUARE 副社長阪口博信公開提出了參入 GBA 開發陣營的希望，遭到了山內溥的嚴詞拒絕。
2001 年 2 月 22 日，SQUARE 社長鈴木尚在戰略發表會上極力自陳己非，並再次鄭重提出了與任天堂恢復合作的建議，任天堂對此依然回應相當冷淡。如果任天堂當時能夠對 SQUARE 的求和態度積極些，對於廣大第三方廠商所造成的引導效果將是非常巨大的，歸根結底還是過剩自信在作祟。平心而論，除了 KOEI 等極少數帶有明顯投機心理的廠商以外，絕大部分 NGC 平台參入第三方都算竭盡了全力，失敗的主要原因完全歸咎於主力消費層趣味的巨大差異。
寂寞獨舞的 N64 時代，任天堂因此擁有了一大批忠誠心極高的核心消費群體，這些人對於原先 PS 陣營的第三方廠商非常隔膜，從而形成了非常畸形的寡占化市場。幾乎所有對 NGC 寄予濃望的大手第三方都鎩羽而歸。CAPCOM 為 NGC 投入了最大的賭注，宣佈百萬大作《生化危機》系列為 NGC 完全獨佔，但是製作週期長達四年的《生化危機 4》的本土銷量不足 25 萬份，遠遠低於預期目標。NAMCO 對 NGC 的支持力度和誠意甚至超過了 CAPCOM，該社早在 NGC 確定發售日期之前就決定投入《TOS》和《鯨腹》兩款大作 RPG，結果糜耗了大量廣告宣傳費的《TOS》不過銷售了 35 萬份，而銷售目標 50 萬的《鯨腹》居然僅賣出 10 萬份。
KONAMI 看家的體育遊戲名作系列《實況足球 7-加強版》，NGC 版的初周銷量居然只有 9 千份。當飽含期望的第三方判定 NGC 平台無利可圖時，撤退是必然的結果。當然，並非所有參入 NGC 平台的日本本土第三方都空手而歸，世嘉應該算是在 NGC 平台斬獲最多的廠商，其《SONIC ADV》系列兩作和《超級猴子球》系列兩作在北美地區都達到了百萬銷量，不過在日本國內卻銷量平平。世嘉還推出了 NGC 首款網路遊戲《夢幻之星網路版》，全球最高同時在線人數曾經突破 50 萬。
TOMY 和 Marvelous 兩家在 NGC 平台頗有建樹，TOMY 根據人氣動漫作品改編的 3D 格鬥遊戲《NARUTO》至今已經發售了三代，從初代的 25 萬份到最新作的 43 萬份，這個系列已經成為日本近年來罕見的續篇銷量比前作大幅提升的異例。Marvelous 的《牧場物語》系列從 SFC 時代起就堅持在任天堂系硬體平台主力發展，目前已經確立了 10 萬人左右的固定消費群體。上述三社的成功之道非常值得深思，這些廠商鎖定的消費層和任天堂擁有的主流客戶層基本重合，然而其遊戲內容又屬於任天堂未曾涉及的範疇，正所謂借力打力之王道。
審視一下 NGC 發售時的外部環境，實際較之 N64 當時更為凶險惡劣，1996 年初雖然 PS 和 SS 已經佔據了相當大的市場份額，然而十多年苦心經營使得任天堂品牌依然深入人心，許多消費者和第三方開發商仍奉之為正朔。《FAMI通》曾經在任天堂情勢最不利的 1996 年 2 月末做了一份讀者調查，看好 N64 未來的依然高達 58%，遙遙領先於 PS 和 SS (一年以前這個數據為 73%)。
時過境遷，如今 TV 遊戲產業的正朔轉換成了新力，PALYSTATION 品牌已經成為了數碼娛樂的代名詞，任天堂創導的遊戲文化不斷趨於邊緣化。事實上任天堂幾乎從來沒有大肆宣稱要憑借 NGC 重新奪回霸主寶座，時任常務執行董事的岩田聰公開發表的經營目標是截止 2006 財務年度末 (2007 年 4 月 1 日前) 全球銷售 5000 萬台 NGC，其意僅在於透過錯位競爭達到和新力 PS2 分庭抗禮的目的，然而微軟 XBOX 的橫空出世完全打亂了任天堂的既定計畫。
微軟大舉進軍 TV 遊戲領域有著許多偶然和必然的原因。隨著個人 PC 電腦市場逐漸趨向飽和，憑借 WINDOWS 作業系統和 OFFICE 系列辦公軟體累積了驚人財富的比爾.蓋茨開始考慮發掘新的利潤增長點，投資 TV 遊戲產業完全和他多年來構想的機頂盒戰略相吻合，微軟希望借此將自家產品由工作必需品進一步昇華為生活的必需品。微軟原本並沒有打算獨自推出主機，曾經試圖支持世嘉進入 TV 遊戲產業，但 SEGA SATURN 和 DREAMCAST 兩代主機均慘遭折戟沉沙的命運，微軟又轉而期望新力開發中的次世代 PS 搭載 WIN 作業系統，但是有著同樣抱負的久多良木健無意為人作嫁衣，反而決定採用一直以來被微軟目為心腹大患的 LIUNX 系統。
新力一系列針鋒相對地舉動徹底激怒了比爾.蓋茨，他決心自行開發遊戲主機參入競爭，為此曾經召集社內高層反覆進行商討。每當微軟試圖楔入一個陌生的市場，最直接的模式就是重金收購這個領域中的實力性企業，世嘉、EA、SQUARE……微軟對預定收購目標進行了認真的選擇，最後任天堂成為了最理想的目標。1999 年初的任天堂正處於事業的新巔峰時期，經營業績非常良好，手中的可支配流動現金將近 60 億美元，該社是在 TV 遊戲領域唯一具備和新力分庭抗禮實力的硬體廠商，如果微軟能夠成功收購任天堂，就等於直接將 40% 的市場份額輕易納入囊中。
著名的《俄羅斯方塊》發明者阿歷克西斯.帕契諾夫在微軟的遊戲事業部門擔任要職，這位 NOA 社長荒川實的故交作為祕密使者和美國任天堂的經營層進行了接觸，微軟希望以 250 億美元的價格完全收購任天堂 (實際當時任天堂峰值股價市值曾超過了 285 億美元)，這個訊息又很快到達了大洋彼岸的京都任天堂本社。荒川實經過了周密的調查發現，微軟大舉進軍 TV 遊戲產業的時日已經迫在眉睫，投入規模之龐大超出了外界人士的猜測。
他和霍華德.林肯以美國式商人的理智思惟模式向山內溥提出了建議:「一旦微軟參入 TV 遊戲產業，任天堂有可能會陷身惡性競爭的泥沼無法自拔，微軟不同於新力和世嘉，其財力是任天堂無法匹敵的。另外任天堂的事業發展已經接近瓶頸期，應該考慮在股價接近歷史峰值時儘早以天價脫手產業。
山內溥最初對微軟的提議並非毫無所動，他派遣高層與對方進行了多次祕密磋商，山內希望僅僅將任天堂的家用遊戲主機事業出售給微軟，繼續保留攜帶主機事業，但是這個提議遭到了微軟方面斷然拒絕，微軟甚至提出一旦收購完成後山內家族未來不得涉足任何電子遊戲相關事業的要求，談判因此最終宣告徹底破裂。雖然收購談判失敗，任天堂和微軟卻暗中保持著某種默契，彼此都希望在自身具備絕對優勢前對方能夠起到牽製新力的作用。
山內溥對微軟參入 TV 遊戲產業所造成的嚴重後果認識並不足夠深刻，10 多年前初次交手的輕易勝利讓他低估了對手的實力，微軟曾在 1983 年聯合新力、夏普等 10 多家日本家電巨頭共同推出了全新家庭娛樂型電腦規格「MSX」，結果被同時期發售的任天堂 8 位主機 FC 迅速擊潰。2002 年 3 月，XBOX 在日本首發不利後，山內溥在接受《日本經濟新聞》記者專訪時嘲笑道:「微軟對遊戲主機的理解僅停留在商業活動的認識上，這樣的想法自然會導致失敗，XBOX 現下在日本已是完敗狀態，翻身的機會幾乎等於零。」如果沒有超大作《HALO》的爆發流行，XBOX 的命運確實可能如同山內預言的那樣悲慘，正所謂謀事在人、成事在天，《HALO》在歐美地區的銷量超過了任何一款 NGC 平台的任天堂本社遊戲，因此 XBOX 在最終以微弱優勢壓倒了 NGC。
與 XBOX 在同一時期推出，對於 NGC 造成了災難性的影響，首先市場關注度的分散是必然的結果，微軟更採取了一系列破壞性的競爭手段，不惜以每台主機虧損 150 美元以上低價傾銷硬體，而歐美消費者一直比較鐘情於高性能電子產品。微軟又幾乎不間斷地推出諸如同捆附贈遊戲等優惠促銷手段，給競爭對手造成了相當沉重的市場壓力。
財大氣粗的微軟透過暗中補貼開發和廣告宣傳費用積極拉攏第三方廠商加盟，正基於這樣的原因，即便 XBOX 在日本市場僅銷售了不足 60 萬台的情況下，依然有許多廠商不斷推出遊戲，這對於原本就面臨軟體匱乏困境的 NGC 平台更是雪上加霜。我們不能不忽略某種潛在共識，廣大第三方遊戲開發商乃至消費者都不希望看到一家獨大的局面發生，兩強鼎立是公認的最佳業界格局，自從世嘉徹底敗退後，任天堂就成為碩果僅存的在野勢力，微軟的參入使得第三方尋找到更加可以信賴的支持者，企業規模處於相對弱勢的任天堂不可避免遭遇了冷落。
2002 年 5 月 24 日，任天堂的歷史翻過了新的一頁。
在當天午後舉行的新聞發布會上，山內溥正式宣佈引退轉任經營顧問，由 42 歲的常務執行董事岩田聰接任社長職位，岩田聰將和宮本茂等其他幾位董事共同實行現代化管理模式的集團指導體制。年逾古稀的山內溥執掌任天堂達 52 年之久，將任天堂從年銷售額不足 20 億日元的紙牌工場發展成了市場價值將近 200 億美元的世界型大企業，更一手締造了如今 TV 遊戲產業的雄濃根基。
出乎外界想像的是，在任天堂的發展歷程中從來就沒有任何以市場調查為依據的事業計畫，一切都憑借著山內溥近乎天才的「直感」進行運作，隨著山內日益衰老和市場競爭加劇，這種非健全化的經營體制必須改變。山內溥曾經在接受記者採訪時坦言:「我應該並不算是什麼胸懷大志的人物，獲得今日的成就應該完全歸功於感覺和幸運……」山內溥的獨裁一直左右著任天堂的命運，誠如過去橫井軍平離開任天堂後曾提到過的那樣，正是因為山內的獨裁才使得諸如 GAME WATCH 和 GAME BOY 這些曾經飽受爭議的商品得以問世並最終取得巨大成功，但是也不可否認，由於山內某些性格和見識的局限性，任天堂也白白錯失了許多取得更大發展的機遇。
山內溥早在 1992 年他就曾經公開提到過引退的願望，但是內憂外患使他一直無法飄然隱去，社內以長子克仁為代表的日本本社派和荒川實的北美分社派之間的激烈明爭暗斗尤其讓他寢食難安，直到 2000 年他才決意栽培非直系的原 HAL 研究所社長岩田聰做傳人。岩田聰最初負責和 NOA 的協調聯絡工作，一年後晉升為常務執行董事並全面主導 NGC 的上市計畫，隨後接任了社長。
岩田聰能夠獲得山內溥青眼主要有幾個原因。首先岩田聰鼓吹的成果主義和山內溥理念相合，他曾經挽救了瀕臨破產的 HAL 研究所，山內充分意識到任天堂未來所將來面臨的困境，必須要有一個意志堅定的領導者。其次岩田聰不屬於任天堂社內任何一個派系勢力，有利於會社經營的穩定發展。
此外出身電子工科的岩田聰曾經親自主持過多款暢銷遊戲的開發，對 TV 遊戲的發展有獨到的見解。還有一個相當重要的原因，岩田聰隨和的性格和非原任天堂嫡系的身分，有助於恢復彌合與第三方軟體廠商的合作關係。山內溥選擇這個時候引退也是為了承擔經營失敗的責任，過去的兩年間，任天堂的股價狂瀉了近 60%，山內不得不在經營方針說明會上向投資人代表鞠躬謝罪，動情之時不禁淚流 vicepresidente。新舊領導人更替後，任天堂的股價立即上漲了 5%。
岩田聰：「應該感謝任天堂的前輩們過去努力所累積下的巨大財富，使得我們能夠有足夠的信心應對未來!」
誠然，山內溥給後任留下了一筆巨大的財富，包括了一家擁有數十億現金資產且經營狀況良好的世界知名大企業以及難以估價的遊戲品牌和人才資源。但是他也遺留給後任幾乎同樣多的「欠債」，在過去數十年間，由於山內溥公開鼓吹「一強皆弱」，導致任天堂和廣大第三方的關係始終非常緊張，如何取得全面諒解是未來競爭的成敗關鍵所在。
另外，任天堂保守的社風和過於拘泥低齡消費層的商業經營戰略也極大限制了企業進一步發展。所有的這一切難題，都留給了山內溥的後繼者們去努力解決。競爭對手毫不鬆懈的緊逼戰術，使得岩田聰幾乎沒有時間去反思、去重新佈局籌劃，惟有步步為營地謹慎應對。甫掌權柄之初，岩田聰也曾經有過類似「新官上任三把火」的莫名亢奮，接連發表了類似「NGC 將在 2006 財務年度時全球突破 5000 萬台」和「從今後每一款任天堂出品的 NGC 遊戲都將突破百萬」等不切實際的激進言論，甚至還附和著山內溥對 SQUARE 發售大型網路遊戲《FFXI》的冒險舉動進行冷嘲熱諷。
走馬上任第一年的糟糕業績扇了岩田聰狠狠的一記耳光，NGC 的全球戰略幾乎一敗涂地，股價和業績出現全面下滑，言猶在耳的豪言壯語已然成了笑柄。很多人都開始懷疑岩田聰團隊的經營能力，甚至有不少狂熱的任天堂信徒發表了各種過激言論進行大肆抨擊，他們似乎並不理解諸多因果源於前任，岩田聰根本不可能在短短不到一年時間扭轉乾坤。沉重的挫折使得任天堂新經營團隊徹底開始醒悟，他們充分意識到會社經營已經處於有史以來最危險的時刻，任天堂這塊金字招牌前所未有的黯淡無光，非常可悲的是，許多業界分析師在評估未來大勢時完全忽略了任天堂的存在。
新經營團隊進行深刻的反思，岩田聰和常務執行董事森仁洋等於 2003 年初分別在公開場合承認了 NGC 的戰略遭到嚴重失敗，雖然有人因此斷言岩田氏懦弱無能，但所有人都真切感受到任天堂已經和過去近乎自戀狂的山內時代有了很大不同。
任天堂開始了一場由裡而外的徹底變革，最初外界幾乎無法感受其動向，其所造成的震撼力卻是爆炸性的。第三方軟體開發商的廣報宣佈部門員工最先感受到任天堂的改變，過去任天堂一直以傲慢難以打交道著稱，如今的姿態卻越來越隨和謙恭。
任天堂為了拉攏第三方做出了許多過去難以想像的決斷，例如讓林克的角色出現下 NAMCO 的 3D 格鬥大作《劍魂 2》中，並授權 NAMCO 開發街機版《馬利奧賽車》。為了拉攏諸如 EA、SQUARE-ENIX 等在業界具有絕對號召力的超級大腕，任天堂更不惜採取降低權利金並提供技術和遊戲角色授權等優惠措施極力籠絡。曾有業界人士把如今岩田聰的對外方針形容為土下座外交 (磕頭外交)，但是這種低姿態在競爭日益激烈的今時無疑為明智之舉，說明任天堂已經充分意識到與第三方合作的重要性，惟有和第三方共同分享利益才能獲得真正的支持。
1995 年以後任天堂的軟體開發事務一概由宮本茂統括管理，這位站立遊戲產業金字塔尖的偉人也不可避免的存在著若干性格弱點，進而影響到任天堂遊戲產品鏈的合理分佈。宮本茂和情報開發部的成員們一直很輕視 RPG 和 SLG，早年一位著名的情開員工曾對媒體宣稱:「那種依靠聲光圖像和變換數字來吸引消費者的遊戲類型，遲早會遭到淘汰!」言下之意，RPG 乃至 SLG 在技術力雄濃的情報開發部眼中不過是毫無價值的數字變換遊戲，因此在 N64 平台上任天堂幾乎沒有推出一款純粹的 RPG 或 SLG，第三方廠商獲準在任天堂硬體平台製作 RPG 類遊戲的審核難度也大大超過製作 ACT 或 FPS。宮本茂對於橫井軍平的強烈不滿也影響到他對於原第一開發部系統的態度。
相當長的一段時間內空心化的第一開發部和 IS 處於閑置狀態，直到 1998 年後任天堂為了強化 GB 掌機遊戲的開發，而宮本茂所部又不屑於此道，長期受到冷遇的本賀勇等才再度被起用。岩田聰花費了近一年多時間對任天堂本社的部門進行了大幅度調整，這項艱巨工作直到 2005 年初才告一段落，自此會社面貌煥然一新。任天堂本社重組為情報開發本部、綜合開發本部、開發技術本部和產品編成室四大部門，過去的開發一部、開發二部與企畫開發部已經不複存在。
任天堂將這三個部門所有的遊戲設計師都整合進了情報開發本部，並將情報開發部劃分為了數個更小的分支部門，宮本茂依舊擔任部長。開發技術本部由原開發二部為核心組成，竹田玄洋繼續領導這個部門。任天堂產品編成室是一個新的部門，負責聯繫海外製作第一方軟體的分部與合作開發組，比如 Retro Studios, Kuju Entertainment 和 n-Space。透過這次事業改革，岩田聰把宮本茂從忙於奔波海外的煩惱中解脫出來可以專心於管理國內遊戲開發，另外青沼英二、紺野秀樹等一批青年設計師被破格拔曜為部門主管。
任天堂內部還形成了一種良性競爭體制，該社每年發行的上百款遊戲中，岩田聰和宮本茂分別負責其半，自從岩田聰親自接手遊戲開發事務後，任天堂的開發效率明顯提升，RPG 和 SLG 等過去被忽視的遊戲種類逐漸充實。原第一開發部體系的再度崛起是岩田聰目前最值得誇耀的成績之一，松岡洋史的小組僅用了八個月時間就開發出了倍受好評的 GBA 版《瓦利歐製造》，這個系列目前在攜帶平台連續推出了三作，日本本土銷量都輕鬆突破了 50 萬大關，成為了近年來任天堂最成功的全新遊戲系列。
經歷了將近 10 年的沈默，本賀勇終於讓《銀河戰士》系列在攜帶平台重新復活，薩姆斯這位無名女英雄再度被玩家所熟悉。至於「影之第一開發部」的 IS 社，闊別家用平台多年後，終於在 NGC 上推出了 S-RPG 名作續篇《火焰紋章-蒼炎的軌跡》。
2003 年 2 月 14 日，GBA 主機的改良版本 GBA-SP 在情人節當天發售，區區 13 萬台首批出貨在兩小時內就銷售一空，熱烈爭購地火爆場面讓在場者幾乎無法想像這是在身陷嚴重經濟衰退泥沼中的日本。任天堂對如此的市場狀況也深感意外，以至於 20 年來破天荒第一次因為商品缺貨而在本社 BBS 上張貼謝罪聲明，向消費者保證將加班加點力爭盡快補足貨源。表面上看來，GBA-SP 的發售是任天堂為應付即將到來的年終財務決算而倉促推出的，實質上這是一款試探市場回應的戰略商品，GBA-SP 的許多設計思想都突破了過去許多年來所沿襲的框架，例如價格設定和訴求的主流消費層。
任天堂顯然已經預見到了即將來臨的某種深刻危機，未雨綢繆的尋求萬全應對之策。是時新力已經憑借 PS2 在 TV 主機領域的市場角逐中取得了壓倒性優勢，該社乘勝追擊參入攜帶遊戲市場以截斷任天堂最大的收益來源，在許多業界人士眼中早已經是順理成章的必然結果，開發一款性能大大超越 GBA 的攜帶主機對於「技術的新力」並非難事，而且一呼百應的業界霸主地位更讓新力具備足夠動搖任天堂根本的實力。日本著名遊戲雜誌《電擊》年初就暗示 SCE 可能在 3-4 月間發表一個與 TV 主機無關的重大計畫。GBA-SP 是任天堂爭取喘息時機的先著，也是拓展消費層的積極嘗試。
該來的終究會來
2003 年 5 月 13 日，SCE 在 E3 大展前日的例行新聞發布會上首次公開披露了高性能攜帶遊戲主機 PSP，社長久多良木健自信地將之稱許為「21 世紀的 WALKMAN」，雖然當時 PSP 的具體實物僅有久多良木手中的一枚 UMD 光盘，但是超乎想像的強悍硬體性能指標已經足夠震撼世人。PSP 正式發表次日，任天堂的股票便應聲急落，許多人都確信新力將會再度輕易吞噬任天堂最後的領地，昔日的遊戲王朝面臨分崩離析。任天堂保持了異常的冷靜，岩田聰和宮本茂等高層人士在不同場合宣稱正在祕密開發一款顛覆以往攜帶遊戲主機理念的「異質主機」。
次年的 E3 大展，新力和任天堂各自的新型攜帶遊戲主機同場展出，人們驚訝的發現被稱為 NDS 的任天堂新主機最大的賣點居然是雙螢幕和觸摸屏，該主機的硬體性能顯然遜色 PSP 頗多，許多參展者更對懷舊風格的外觀設計表示了強烈不滿。首度的公開亮相，PSP 顯然占盡了上風，人們對 NDS 是否能夠像岩田聰宣稱的那樣帶來革命性的突破存有懷疑。
2004 年 9 月 21 日午後 15 時 30 分,SCE 原定於東京都帕雷斯飯店 (PALACE HOTEL) 召開的 PlayStation Business Briefing 2004 大型未來戰略發表會的開始時刻,然而從來都非常守時的新力方面突然宣佈延遲,直到 17 分鐘以後會議才得以召開，SCE 方面的解釋是由於某高層遲到才造成了會議押後，這種牽強的藉口實在難以取信在場的記者。
按照日本大企業的歷來習慣，遇到如此重要的戰略發表會時與會高層基本都會提前到場，遲到 17 分鐘之久更是難以令人想像。另外從港區南青山新力本社到達天皇皇居對面的帕雷斯飯店會場最多不過三公里路程，更有多條路線可以通行，當天該路段也並沒有發生任何交通堵塞現象。根據在場消息靈通人士事後透露，SCE 原本準備公佈 PSP 正式價格和發售日期等具體細節，計畫由於某種突發原因而緊急變更。
任天堂的突然狙擊完全打亂了新力的原定計畫，該社在 SCE 戰略發表會開始前一小時突然發表了 NDS 的正式發售日期和價格，15000 日元的破格低價出乎對手意料之外，而且日本本土鎖定的 12 月 2 日發售日也意在直接壓制外界所公認的 12 月 3 日這個最具可能性的 PSP 首發日 (PS 誕生 10 週年紀念日)。
任天堂咄咄逼人的攻勢迫使 SCE 調整了戰略部署，大幅度降低了主機定價並將發售日提前到年末年始，年末商戰中 NDS 憑借著先行之利和充足的供貨完全佔據了主控權，僅在日本本土實際銷售就領先 PSP 百萬台以上。2005 年初春，PSP 的硬體銷量一度在日本本土完全壓倒了 NDS，但是隨著情報開發部製作的《FAMI通》史上首款滿分掌機遊戲《任天狗》於 4 月末推出，NDS 和 PSP 的主客之勢再度發生大逆轉，此後《東北大學未來科學技術共同研究中心川島隆太教授監修-成人腦力鍛鍊 DS》和《靈活腦筋大教室》等數款新形態遊戲接踵發售並引發社會性的流行風潮，NDS 於 8 月末率先突破 300 萬台的硬體普及底線。
NDS 的優勢地位歸功於任天堂經營層對於攜帶主機軟硬體的透徹理解，該社並不盲目和競爭對手追逐硬體性能指標，而是著眼於尋求創新突破，成功開發出《任天狗》等一系列新形態佳作，在 NDS 的用戶中有近 30% 為女性和中老年等新規玩家，充分證明任天堂試圖拓展新消費層的努力獲得了成功。為了提供良好的開發環境以吸引廣大第三方參入，任天堂對 NDS 的開發工具進行了最大限度優化，NDS 的開發甚至比 GBA 更廉價更簡易。
2005 年 5 月召開的 E3 遊戲大展，三大硬體廠商同時發表未來家用主機戰略，無論 PS3 還是 XBOX 360 都極力鼓吹宣揚硬體性能指標和參入第三方軟體廠商的陣容規模，而任天堂卻擺出了一副穩坐釣魚台的悠閒姿態，除了發表會上岩田聰手中的一個扁平的方盒子，盛傳已久的革命 (Revolution) 主機沒有公佈任何詳細硬體規格，更沒有演示任何華麗震撼的演示 DEMO，捧場的第三方也只有 SQUARE-ENIX 一家，岩田聰在演講中表示革命主機的賣點集中在突破性的手柄設計，這款凝聚了任天堂 20 年硬體設計理念之精粹的產品將給玩家帶來前所未有的嶄新體驗。
TV 遊戲產業經歷了近幾年的飛躍發展，人們已經對眼花撩亂的感官盛宴早已經麻木不仁，E3 大會上 PS3 和 XBOX 360 那些驚人的 DEMO 演示畫面並沒有讓玩家們興奮太久，那些後綴著阿拉伯數字的所謂名作續篇更已經習以為常，許多人忽然對神祕的革命主機產生了濃濃興趣，雖然革命沒有公佈任何具有實際意義硬體細節，但人們確信這將是一款與 PS3 或 XBOX 360 等完全不同的另類。
2005 年 9 月 16 日，岩田聰應邀在 TGS 2005 (東京遊戲展) 首日發表了題目為「擴大遊戲玩家人口，什麼是目前業界必要的?」的基調演講，他在演講中表示任天堂看到了目前遊戲產業的危機，現下的遊戲的製作越來越寫實，也越來越複雜，但是，這樣的想法卻無法再讓遊戲業界成長。「是否有任何人提出了能讓產業擴張的新架構?或者任由玩家感到無趣而讓產業逐漸萎縮?」岩田聰質問道。
「我相信，我們現下正處於這樣的重大抉擇關頭。為了未來的電玩產業，我們需要擴大市場。」他斷言業界如果希望成長，最佳的模式便是透過創新，吸引過去的老玩家回流，並且想辦法吸引其他不常玩遊戲或不曾玩遊戲的族群。在演講的第二階段，岩田聰話題一轉，談到從紅白機以來的遊戲手柄一代比一代複雜難用，他認為流失的玩家大多都認為這些手柄難以使用，也不敢嘗試。岩田接著播放了一段介紹革命手柄的 DEMO 畫面，重新引入了道統手柄的原始概念。在會場演示的影像中，採用 WI-FI 無線控制的革命手柄的外觀完全顛覆了以往的道統設計概念，從已知的部分我們了解到玩家可以透過直接操作自由自在的發揮想像力，同時也賦予了道統的家用遊戲更廣泛的延伸空間。
岩田聰透露了任天堂的設計思想:「為了要擴大玩遊戲的人口，我們有必要設計一種可以放在客廳茶幾上，讓家庭中所有成員都不會排斥，而且能自然而然地使用的手柄，就像使用電視遙控器一樣。」TGS 2005 是新力和微軟首次公開出展新主機的舞台，兩社不惜血本地安排了大量出展遊戲，但是輿論的主導權卻被並未參展的任天堂完全主導，全世界的玩家都被「革命」所震撼，人們紛紛發表對這款全新主機的感想，即便是任天堂的競爭對手們也不得不對之表示了讚賞，微軟 XBOX 遊戲事業部門的負責人 Peter. Moore 對革命給予了積極的評價，而為 SCE 主持開發了 ACT 名作《戰神》的製作人 David. Jaffe 更在接受採訪時毫無掩飾表示革命的手柄設計理念是許多製作人所熱切期待的。
「革命」是一款懷有強烈危懼之心所開發出的突破性硬體產品，包括了自社生存的危懼和對整個 TV 遊戲產業發展的危懼，幾乎異口同聲地積極評價，正代表了整個行業對於突破的渴望，「革命」並不是什麼救世主，但它的出現代表了一種正確的未來發展方向，遊戲產業只有不斷提供全新的娛樂元素才能進一步發展，任天堂的理念再次走到了他人的前面。
「如果我們不能同時滿足只想輕鬆玩遊戲的一般玩家和希望能接觸到更深邃、更龐大複雜遊戲的重度玩家的話，遊戲產業的玩家人口就不可能繼續成長。當我們所製作的遊戲不再讓玩家感到驚喜時，他們對於遊戲終究會心生厭倦。」」岩田聰
無論 NDS 還是「革命」，我們已經清晰的看到了任天堂為自己選擇的未來發展道路，任天堂無意拘泥於原有的領域和新力等強勁競爭對手正面對抗，因為這樣做完全可能在一場戰爭完全輸光所有的籌碼，更何況任天堂可以動用的資源顯然並不足以和對手抗衡。避免直接競爭並走得比他人更遠，這是弱者為自己選擇的自存之道，透過 NDS 和 PSP 的競爭已經足夠證明硬體性能並不是至關重要的決定原素，準確的商品價值定位才是成功之道。
從今年初以來任天堂全力宣傳的《任天狗》乃至《靈活腦筋大教室》等 NDS 遊戲所鎖定的主力消費層並非道統的核心玩家層，而是那些過去很少甚至從來不接觸遊戲的新規人群。任天堂的經營思想已經出現了根本性的轉換，其商品不再以招徠核心玩家為訴求，開始努力發掘全新的用戶群體，其積極努力已經獲得了豐濃的回報。
正如岩田聰所說的那樣，同時滿足一般玩家和重度玩家是一個非常艱巨的課題，任天堂在製作《任天狗》等 LU 遊戲的同時，並沒有放棄對《瑪利歐》和《塞爾達傳說》等道統遊戲的製作宣傳，未來的「革命」也將延續這樣的道統，歐洲任天堂負責市場營銷的主管 Jim. Merrick 在接受記者採訪時暗示「革命」會附帶普通手柄套件以便利第三方廠商開發道統遊戲。不管怎么說，任天堂已經走出成功的第一步，曾經被遺忘的游戲老鋪再度回到了 TV 遊戲業界的舞台中心。
「生於憂患、死於安樂」──我始終相信這一點。
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